MTAT bakalaureusetööd – Bachelor's theses

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/10062/32748

Browse

Browsing MTAT bakalaureusetööd – Bachelor's theses by Author "Adler, Priit"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Item
    Geeniekspressiooni andmete analüüsi meetodi Barcode kirjeldus ja rakendamine
    (2016) Tars, Sander; Ufliand, Anna; Adler, Priit
    Käesoleva bakalaureusetöö peamised eesmärgid on üle kontrollida, kas\n\rgeeniekspressiooni andmete analüüsi meetod Barcode täiustab meetodit fRMA ja tuua\n\rerinevused visuaalselt välja.\n\rEsimene, kirjeldav osa keskendub geeniekspressiooni andmete analüüsi meetodil Barcode.\n\rBarcode'i kirjelduse käigus antakse ülevaade erinevatest Barcode'i versioonidest. Iga\n\rversiooni juures on kirjeldatud funktsionaalsused ja nende kasutamine. Põhirõhk on seejuures\n\rpandud uutele funktsionaalsustele võrreldes varasemate versioonidega.\n\rTeises, praktilises osas võrreldakse meetodeid Barcode ja fRMA (fRMA meetodi väljund\n\ron Barcode analüüsi alguspunkt). Nende kahe meetodi võrdlemiseks kasutatakse\n\rinimese geeniekspressiooni andmehulka DNA kiibi eksperimentidest. Andmehulk tähisega\n\rE-TABM-145 sisaldab 158 inimese koenäidise ekspressiooniandmeid. Kõigepealt jaotatakse\n\rneed koenäidised manuaalselt gruppidesse. Need manuaalselt loodud grupid on\n\raluseks mõlema meetodi töö hindamisele. Seejärel töödeldakse algseid andmeid nii meetodiga\n\rBarcode kui ka meetodiga fRMA. Mõlema meetodi tulemuste visualiseerimiseks\n\rja võrdlemiseks kasutatakse eraldi kahte statistilist meetodit: peakomponentanalüüs (principal\n\rcomponent analysis) ja hierarhiline klasterdamine. Mõlema statistilise meetodi\n\rväljunditele on tehtud analüüs ja võrdlus Barcode'i ja fRMA vahel. Vastavate statistiliste\n\rmeetodite väljundite võrdlusest saab järeldada, et Barcode on tõepoolest täiendab\n\rfRMA-d. Barcode võimaldab koenäidiseid apremini õigetesse klastritesse klassifitseerida -\n\rnäidised, mis tulevad samast koest on kasutades Barcode'i paremini ülejäänud näidistest\n\reraldatud kui fRMA puhul.