Browsing by Author "Aasmets, Oliver"

Now showing 1 - 3 of 3

Geneetiliste mõjude hindamine kinnitava faktoranalüüsiga
(Tartu Ülikool, 2015) Aasmets, Oliver; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika-informaatikateaduskond; Tartu Ülikool. Matemaatilise statistika instituut
Genoomikapõhise personaalse meditsiini väljatöötamiseks soovitakse inimese genotüübiandmete põhjal ennustada haiguste tekkimise riske. Geneetiliste mõjude hindamisel kasutatakse enim ühenukleotiidsete polümorfismide (SNP) markereid, mis on inimese geneetilise varieeruvuse põhilisemaid avaldumisviise. DNA-ahelal lähestikku paiknevad SNP-d on omavahel tugevasti korreleeritud, seetõttu kasutatakse geeni mõju hindamisel enamasti ainult piirkonna kõige olulisemat markerit. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk on anda ülevaade struktuurivõrrandite mudelitest ning rakendada metoodika ühte erijuhtu - kinnitavat faktoranalüüsi, hindamaks geenipiirkonna mõju, kasutades kõiki piirkonnas mõõdetud geneetilisi markereid.
Mikrobioomi andmete analüüs
(2018) Aasmets, Oliver; Fischer, Krista, juhendaja; Org, Elin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut
Inimese soolestikus on suur hulk erinevaid baktereid, mis täidavad organismi jaoks mitmeid olulisi funktsioone. Käesoleva magistritöö eesmärk on uurida, kas teist tüüpi diabeedi eelses seisundis indiviidide soolestiku bakterikoosluses on muudatusi võrreldes tervete indiviidide bakterikooslusega. Võrreldakse bakterikoosluse puhul huvitavaid α- ning β - mitmekesisuse näitajaid. Seejärel uuritakse Mendeli randomiseerimise skeemi abil, missugune võiks olla bakterikoosluse liigirikkuse põhjuslik mõju prediabeedile.Lisaks uuritakse, kas leidub üksikuid baktereid, mis esinevad tervete ja prediabeetikute mikrobioomides erineva sagedusega kasutades selleks kompositsionaalsete andmete analüüsimiseks mõeldud meetodeid. Kirjeldatakse kopositsionaalsete andmete jaoks mõeldud seose tugevuse näitajat uurimaks, kas soolestiku mikrobioomis on liike, mis esinevad soolestiku keskkonnas enamasti koos. Lisaks modelleeritakse prediabeedi esinemist logistilise regressiooni ning regulariseeritud logistilise regressiooniga.
The importance of microbiome in human health
(2022-09-26) Aasmets, Oliver; Org, Elin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Tehnoloogia areng on andnud inimesele võimaluse uurida ümbritsevat maailma nurkade alt, mille jaoks veel mõned kümnendid tagasi võimalused puudusid. Üks selliseid teadusvaldkondi on inimese mikrobioomi ehk meie kehal ja kehas elavate mikroorganismide nagu näiteks bakterite ja viiruste uurimine. On teada, et mikrobioomil on oluline funktsioon inimese tervisele ning mikrobioomi kooslust omakorda mõjutavad suurel määral meie elustiil, toitumisharjumused, ümbritsev keskkond ning tervislik seisund. Just seosed haigustega on tekitanud huvi mikrobioomi kasutamiseks meditsiinilistes rakendustes. Doktoritöö eesmärk oli uurida, millised faktorid lisaks teadaolevatele on seotud meie soolestiku mikrobioomi kooslusega ning kuidas on mikrobioomi andmeid võimalik kasutada haiguste diagnoosimiseks ning haigusriskide hindamiseks. Esiteks uurisime teist tüüpi diabeeti ning näitasime, et mikrobioom aitab senisest täpsemalt ennustada muutusi veresuhkru regulatsiooni kirjeldavates parameetrites, milleks olid eelkõige insuliini eritamisega seotud näitajaid. Järgmiseks eesmärgiks oli kirjeldada Eesti populatsiooni soolestiku mikrorbioomi profiiili ning tuvasatada mikrobioomi kooslust mõjutavad faktorid. Eesti Geenivaramu terviseandmestikku kasutades tuvastasime, et antibiootikumide pikaajalisel korduval kasutamisel on akkumuleeruv mõju mikrobioomi kooslusele olenemata sellest, kas antibiootikume on kasutatud viimase kuue kuu jooksul. Analüüsides pikaajalise antibiootikumide mõju arvesse võtmine võimaldas omakorda täpsustada haigusspetsiifilisi muutusi mikrobioomis. Lisaks uurisime, kas soolestiku mikrobioomi abil inimeste grupeerimine võimaldaks ka kasutust kliinilistes rakendustes. Selgus, et selliselt mikrobioomi kooslust lihtsustades on võimalik küll anda hinnang inimese üldisele elustiilile, kuid tõendid haiguste diagnoosimisel või haiguste riski hindamiseks pole piisavalt tugevad. Kokkuvõttes on mikrobioomi uurimisel meditsiinis suur potentsiaal, mis võimaldab täiendada olemasolevaid võimalusi haiguste diagnoosimiseks ning riskide hindamiseks, kuid see eeldab täiendavaid teadmisi ja uuringuid.