Browsing by Author "Aasumets, Koit"

Now showing 1 - 3 of 3

Mitokondriaalsete DNA-valk komplekside (nukleoidide) koosluse määramiseks vajalike eraldamisskeemide optimeerimine
(Tartu Ülikool, 2015) Aasumets, Koit; Gerhold, Joachim Matthias, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mitokondriaalsete nukleoidide ja mitokondritega seotud ER-membraanide (MAM) koosmõju inimrakkudes
(Tartu Ülikool, 2017) Aasumets, Koit; PhD Joachim Matthias Gerhold, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mitokondriaalne DNA (mtDNA) moodustab rakkudes nukleoproteiinkomplekse, mida nimetatakse nukleoidideks. MtDNA säilitamine on raku elutegevuse seisukohalt oluline, kuna häired mtDNA-s põhjustavad haiguseid. Mitokondriaalsed nukleoidid assotsieeruvad mitokondri sisemembraaniga ning kolesteroolirikka mikrodomääniga, mis tõenäoliselt koordineerivad mtDNA säilitamist. Mitokondrid on kontaktis ER membraanidega (MAM), mille kaudu reguleeritakse arvatavasti ka mtDNA säilitamist/segregatsiooni. Käesolevas töös uuriti nukleoidide võimalikke mõjusid MAM-idele ning MAM-ide võimalikke mõjusid nukleoididele kasutades siRNA vahendatud knockdown meetodit. Selgus, et nukleoidi valk TFAM mõjutab selgelt nii nukleoide kui MAM-struktuure. MAM-ide valk Mfn2 ei avaldanud tugevat mõju nukleoididele. Nukleoididega seotud ATAD3 mõjutas sarnaselt TFAM mahasurumisele MAM-struktuure.
The dynamics of human mitochondrial nucleoids within the mitochondrial network
(2021-12-15) Aasumets, Koit; Gerhold, Joachim, juhendaja; Kollist, Hannes, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Mitokondrid on endosmbiontset päritolu päristuumse raku organellid, millede enimtuntud funktsiooniks on makroergilise ühendi ATP tootmine oksüdatiivse fosforüülimise teel. Lisaks on mitokondritel oluline roll ka näiteks kaltsiumi homöostaasis, programeeritud rakusurmas ja rasvhapete β-oksüdatsioonis. Mitokondritel on väike ja kompaktne genoom, mtDNA, millelt kodeeritakse mitokondriaalse hingamisahela komponente ning mitokondriaalseid tRNA-sid ja rRNA-sid. Inimese mtDNA on pakitud peaasjalikult TFAM valgu abil üksustesse, mida nimetatakse nukleoidideks. Nukleoidid on seotud mitokondri sisemembraaniga ning vastavalt nende funktsioonile ja kooslusele esineb vähemalt kaks nukleoidide populatsiooni. Aktiivselt replitseeruvad nukleoidid, mida iseloomustab helikaasi Twinkle esinemine, on muuhulgas seotud kolesteroolirikka membraanistruktuuriga (replikatsiooni mikrodomään). Antud struktuur on omakorda assotsieerunud ER-mitokonder ühendustega, mida nimetatakse mitokondritega assotsieerunud ER membraanideks (MAM). MAM kontaktid on mtDNA segregatsiooni seisukohast väga olulised, kuna mitokondrite jagunemine ning nukleoidide jaotumine leiab aset MAM kontaktide vahetus läheduses. Samas pole teada täpne regulatsioon, kuidas mitokondriaalsed nukleoidid mõjutavad MAM kontaktpunktide moodustumist kohas, kus toimub mtDNA süntees. Antud töö tulemused aitavad mõista nukleoidide ja organellidevaheliste kontaktide omavahelist koosmõju. Töö käigus leiti, et nukleoidi pakkimisvalgu TFAM allareguleerimisel leiab aset nukleoidide agregeerumine, oluline mtDNA koopiaarvu langus, replikatiivsete nukleoidide populatsiooni suurenemine ning MAM kontaktide ümberorganiseerimine. Antud tulemused näitavad, et nukleoidide terviklikkus on üheks oluliseks eelduseks ER-i ja mitokondri vaheliste interaktsioonide moodustmiseks. Muuhulgas heidavad käesoleva töö tulemused valgust mtDNA ning mtRNA metabolismiga seotud valkude funktsioonidele, aidates kaasa mtDNA säilitamisega seotud häirete tekkepõhjuste mõistmisele.