Browsing by Author "Hinnu, Mariliis"

Now showing 1 - 3 of 3

Antibiotic detection using bioreporters based on SOS and cold shock responses
(2020) Aedla, Jüri; Hinnu, Mariliis
With emerging antibiotic resistance, development of methods for screening new antibiotics in environmental and metabolite samples is necessary. Whole-cell bacterial bioreporters are a unique tool in that they only detect the bioavailable fraction of antibiotic concentration and can also aid with investigating the mechanism of action. In this study, two reporters were constructed based on SOS and cold shock stress promoters to detect genotoxic compounds and C group translation inhibitors. Both reporters displayed specific and dose-dependent response to sub-inhibitory antibiotic concentrations. Antibiootikumresistentsuse kasvuga kasvab ka vajadus arendada välja meetodeid uute antibiootikumide tuvastamiseks keskkonnast ja mikroobide metaboliitide seast. Bioreporterid kui elusorganisme teeb eriliseks nende võime tuvastada just elusorganismile mõjuvat antibiootikumi kontsentratsiooni ning uurida selle toimemehhanismi. Käesolevas töös konstrueeriti kaks bioreporterit kasutades SOS ja külmašoki stressipromootoreid, et tuvastada genotoksilisi ühendeid ja C-grupi translatsiooni inhibiitoreid. Mõlema bioreporteri puhul nähti spetsiifilist ja annusest sõltuvat vastust subinhibitoorsetele antibiootikumide kontsentratsioonidele.
In vitro methods for studying the mechanisms of ribosome-targeting antibiotics
(2024-04-22) Hinnu, Mariliis; Tenson, Tanel, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Ribosoomis toimuv valkude biosüntees ehk translatsioon on eluks hädavajalik protsess, mistõttu on bakteri ribosoom ka üks peamisi antibakteriaalsete ainete sihtmärke. Antibiootikumresistentsuse kiire leviku tõttu on oluline tõhustada olemasolevaid ja töötada välja uusi raviaineid, ravimvorme ja raviskeeme. Enne kliinilisi katseid inimestel on aga aineid vajalik põhjalikult n.ö. katseklaasis (in vitro) kui ka nakkusmudelites (loomarakud/-koed/elusloomad) uurida. Klassikalistes in vitro meetodites kasutatav keskkond ei sarnane aga alati nakkusaegse peremeesorganismiga. Antud uurimistöö eesmärk oligi vaja välja töötada in vitro meetodeid, mis võimaldaksid uurida antibiootikume inimesega bioloogiliselt sarnases keskkonnas. Fookuses olid ribosoomiga seonduvad antibiootikumid. Antud doktoritöös töötati välja meetodid, mis i) võimaldavad mõõta antibiootikumi vabanemist lokaalseks haavaraviks ette nähtud nanofiibritest; ii) selgitavad, kas verepuhvri olulise koostisosa, bikarbonaadi lisamine katsekeskkonda muudab in vitro antibiootikumtundlikkustestid kliiniliselt täpsemaks, ja iii) võimaldavad mõõta antibiootikumide mõju bakterite translatsiooni täpsusele. Kui testitud nanofiibrid näitasid suuri erinevusi antibiootikumi vabanemises vesikeskkonnas, siis väljatöötatud meetodid pooltahkes keskkonnas näitasid, et erinevused olid tegelikult väga väikesed. Bikarbonaadi katsed näitasid selgelt, et antibiootikumi toimet bakterile mõjutas bikarbonaadi ebapiisavast puhverdamisest tingitud pH-muutus. Töötati välja fluorestseeruvad translatsioonivigade reporterid, mis andsid uut teavet bakterite translatsiooni täpsuse kohta erinevates tüvedes, kasvukeskkondades, k.a. rakusisese nakkuse mudelites, ja antibiootikumide toimel. Kokkuvõttes võimaldavad antud doktoritöös välja töötatud meetodid ribosoomiga seonduvaid antibiootikume paremini uurida.
Making Antimicrobial Susceptibility Testing More Physiologically Relevant with Bicarbonate?
(ASM Journals, 2022-05-17) Hinnu, Mariliis; Putrinš, Marta; Bumann, Dirk; Kogermann, Karin; Tenson, Tanel
Azithromycin is a clinically important drug for treating invasive salmonellosis despite poor activity in laboratory assays for MIC. Addition of the main buffer in blood, bicarbonate, has been proposed for more physiologically relevant and more predictive testing conditions. However, we show here that bicarbonate-triggered lowering of azithromycin MIC is entirely due to alkalization of insufficiently buffered media. In addition, bicarbonate is unlikely to be altering efflux pump activity.