Browsing by Author "Kaldalu, Niilo, juhendaja"

Now showing 1 - 8 of 8

Activity of macrolides against uropathogenic Escherichia coli
(Tartu Ülikool, 2023) Shahpazir, Ana; Kaldalu, Niilo, juhendaja
Azithromycin is a macrolide antibiotic extensively used to treat several infections attributa- ble to Gram-positive bacteria. Exceptionally, azithromycin has proven to be effective in clin- ical treatment of widespread chronic infections caused by Gram-negative bacterium, Salmo- nella. While the underlying mechanisms of azithromycin’s activity against this Gram-nega- tive bacterium remain enigmatic, its efficacy brings up the question of whether this macro- lide can be used in treatment of other Gram-negative bacterial infections as well. The goal of this work was to investigate the possibility of utilizing azithromycin against uropatho- genic Escherichia coli. For this purpose, we determined the minimum inhibitory concentra- tion of azithromycin in conditions resembling intracellular infection sites. Additionally, we validated the use of four macrolide bioreporters that were based on the regulatory leader peptide coding sequence of the macrolide resistance gene, ermCL.
CsrA valgu ja ribonukleaaside osast toksiini-antitoksiini mRNA-de lagundamisel
(Tartu Ülikool, 2014-06-10) Tali, Aleksander; Kaldalu, Niilo, juhendaja; Mets, Toomas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Katsetingimuste mõju persistorite esinemissagedusele Escherichia coli's
(Tartu Ülikool, 2014-06-10) Ingelman, Henri; Kaldalu, Niilo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
RNA fragmentation by MazF and MqsR toxins of Escherichia coli
(2019-04-04) Mets, Toomas; Kaldalu, Niilo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakterite elu on täis väljakutseid: nad peavad toime tulema ohtlike kemikaalide, vaenulike naabrite ja toitainete puudusega. Erinevate ohtude vastu võitlemiseks on bakteritel välja arenenud mitmed stressile reageerimise mehhanismid. Bakteriaalsed toksiin-antitoksiin süsteemid on väikesed parasiitsed üksused, millest mõned on rakud suutnud värvata stressivastuse radadesse. Nendelt geneetilised üksustelt toodetakse raku kasvu pärssivat toksilist valku ja seda inaktiveerivat antitoksiini. Kuna antitoksiinid on ebastabiilseid tuleb neid stabiilsete toksiinide kontrolli all hoidmiseks pidevalt juurde toota. Seega, kui moodul peaks kaotsi minema või antitoksiinide tootmine on takistatud, vabanevad toksiinid ning pärsivad rakkude kasvu. Stressivastuses osalevaid toksiine peetakse peamiselt kasvuregulaatoriteks, mis vastusena kahjulikele teguritele vähendavad rakkude metaboolset aktiivsust. Hiljutised uurimused väidavad, et osadel toksiin-antitoksiini süsteemidel on rakus keerukam funktsioon - nad reguleerivad spetsiifiliste geenide avaldumist. Selle kõige silmapaistvamaks näiteks on Escherichia coli endoribonukleaasist toksiin MazF, mis arvatakse erinevate stresside korral ümberprogrammeerivat kogu raku translatsioonilise masinavärgi. Spekuleeritakse, et MazF muudab ribosoomide translatsioonilist eelistust eemaldades 16S rRNA küljest anti-Shine-Dalgarno järjestuse. Sellised ribosoomid arvatakse transleerivat kärbitud 5’ otstega stressiga seotud geenide mRNA-sid, mis on samuti MazFi poolt tekitatud. Me uurisime RNA lõikamist MazFi ja teise endoribonukelasse toksiini, MqsRi, poolt Escherichia colis ning ei näinud mingeid tõendeid, mis toetaks sellist keerukat translatsiooni ümberprogrammeerimise mehhanismi. Me näeme, et MazF ja MqsR käituvad ainult kui kasvupärssijad, mis lõikavad kõike kättesaadavat struktureerimata RNA-d. Traditsiooniliselt peetakse Escherichia coli endoribonukleaasidest toksiine ainult mRNA lagundajateks, kuid meie andmed viitavad sellele, et kasvu pidurdatakse ka läbi prekursor rRNA-de lagundamise.
SOS vastuse induktsioon vähiravimite poolt kasvavas ja mittepaljunevas bakterikultuuris
(Tartu Ülikool, 2024) Andersson, Naomi Charlotta; Kaldalu, Niilo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Antibiootikumiresistentsuse ajastul on kõige kriitilisema tähtsusega gram-negatiivsete bakterite poolt põhjustatud infektsioonid. Kroonilistes infektsioonides leidub mittejagunevaid “uinuvaid” gram-negatiivseid baktereid, kes ei allu antibiootikumiravile aktiivsete märklaudade puudumise tõttu ning põhjustavad haiguse pideva tagasituleku. Resistentsuse tekke ühe võimaliku põhjustajana on kirjeldatud DNA-s mutatsioone tekitavat SOS vastust. Käesoleva töö eesmärgiks oli leida sobilik katseprotokoll ning reporterplasmiid, et tuvastada kuue mittejagunevate bakterite vastu aktiivse vähiravimi võimet indutseerida uropatogeenses E.colitüves CFT073 SOS vastust. Kasvavas kultuuris indutseeriti mõne ravimiga SOS vastus, kuid statsionaarses faasis ning sellejärgsel kasvamahakkamisel ei indutseeritud SOS vastust vaatamata kasvu inhibitsioonile.
Susceptibility of nongrowing uropathogenic Escherichia coli to fluoroquinolones: killing and induction of the SOS response
(Tartu Ülikool, 2023) Akulich, Anna; Kaldalu, Niilo, juhendaja; Hinnu, Mariliis, juhendaja
Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) is the primary cause of urinary tract infections. UPEC is capable of entering the host cells and adapting to an intracellular lifestyle. This provides bacteria protection against host defensive mechanisms and antibiotics, leading to chronic and recurrent infections. Due to the limited nutrients inside host cells, bacteria are nongrowing. Nongrowing bacteria are not killed by most bactericidal antibiotics. However, some antibiotics of the fluoroquinolone group - gatifloxacin and ofloxacin – are known to be effective. According to an unpublished study, it was suggested that fluoroquinolones do not kill nongrowing bacteria but poison them. This study investigated the killing efficiency and in-duction of SOS response by a set of different fluoroquinolones in various growth conditions. Specifically, bactericidal effect on stationary phase culture before and after 1M NaCl incubation and induction of SOS response for growing stationary phase and regrowing cultures. The results of this thesis have supported the hypothesis of delayed bacterial death after fluoroquinolone poisoning.
Testing antibacterial drugs against nongrowing bacteria
(Tartu Ülikool, 2023) Bērziņš, Normunds; Kaldalu, Niilo, juhendaja
All antibiotics currently in use were discovered due to their ability to stop bacterial growth. However, only a few of them can kill nongrowing bacteria. During chronic and recurrent infections, a large fraction of the pathogenic bacteria is nongrowing or grow very slowly. Drugs are needed that kill nongrowing bacteria and it is therefore reasonable to look for potential candidates in already existing drug libraries. We treated non-growing stationary phase cultures with the drug candidates looking for those that cause post-incubation regrowth delay. A colony counting method optimized for high throughput was used to determine the bactericidal activity of the hit compounds. 38 drugs were previously identified to increase regrowth delay of nongrowing E. coli. They were further tested for their activity against nongrowing Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus. Several drugs of multiple classes – fluoroquinolones, macrolides, and anticancer drugs – were found to heavily increase the regrowth time of P. aeruginosa. Additionally, these drugs exhibited strong bactericidal effect, killing multiple magnitudes of bacteria. Fewer drugs were as effective against S. aureus, but a couple – an antiseptic/disinfectant and an anticancer drug - were found to increase the regrowth delay significantly and showed bactericidal activity.
Toksiini-antitoksiini süsteemide ja neid kontrollivate geenide mõju Escherichia coli kasvule
(Tartu Ülikool, 2015) Rikas, Katlin; Kaldalu, Niilo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut