Browsing by Author "Kasela, Silva"

Now showing 1 - 3 of 3

DNA metülatsioon: normaliseerimine ja analüüs
(Tartu Ülikool, 2013) Kasela, Silva; Fischer, Krista, juhendaja; Milani, Lili Azin, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika-informaatikateaduskond; Tartu Ülikool. Matemaatilise statistika instituut
Käesoleva magistritöö tulemusel tutvustati DNA metülatsiooni ja selle normaliseerimis- ning analüüsimismeetodeid, viidi läbi põhjalik analüüs eeltöötlusest kuni lõpliku analüüsini. Tulevikus oleks huvitav veel erinevalt metüleerunud CpG-de leidmisel kaaluda ka beeta-väärtuste modelleerimist beeta-jaotusega ning segamudelite teooria rakendamist.
Genetic regulation of gene expression: detection of tissueand cell type-specific effects
(2017-06-29) Kasela, Silva; Milani, Lili, juhendaja; Fischer, Krista, juhendaja; Metspalu, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Rohkem kui 10 aastat ülegenoomseid assotsiatsiooniuuringuid on leidnud kümneid tuhandeid seoseid komplekstunnuste ja geneetiliste markerite vahel, mis on andnud palju uut infot haiguste etioloogia ning pärilikkuse kohta. Leitud seosed ei viita otse põhjuslikule geneetilisele markerile, vaid märgivad ära genoomi piirkonna, mis mõjutab haiguse saamise riski või tunnuse kujunemist. Paremini aitavad seni kogutud infot mõtestada sellised geneetilised markerid, mis mõjutavad ka geenide avaldumist kui vahepealset tunnust varieeruvate DNA aluspaaride ja fenotüübi vahel. Tähtis on kirjeldada geeniekspressiooni geneetilist regulatsiooni võimalikult paljudes erinevates rakkudes ja kudedes, sest geneetiliste markerite efekt geeniekspressioonile sõltub nii rakutüübist kui ka keskkonnamõjudest. Antud doktoritöö uurib koe- ja rakutüübi-spetsiifilist geenide avaldumise geneetilist regulatsiooni. Me näitame, et täiskasvanu maksakoes mõjutavad geneetilised markerid nende geenide ekspressiooni, mis on seotud üldise ainevahetuse ja ravimite lagundamisega. Me analüüsisime geenide avaldumist ka omandatud immuunkaitses olulist rolli mängivates CD4+ ja CD8+ T-rakkudes. Me leidsime CD4+ T-rakkudes spetsiifilise toimega mittesünonüümse variandi, mis asub IL27 (kromosoom 16) geenis ja mõjutab geenide IRF1 (kromosoom 6) ja STAT1 (kromosoom 2) ekspressiooni, mida kinnitasime ka funktsionaalse katsega ning millel on potentsiaali esimest tüüpi diabeedi ravimisihtmärgina. Lisaks uurisime väikeste mittekodeerivate mikroRNAde ja geneetiliste markerite omavahelist seost geenide avaldumisele. Me ei leidnud seaduspära geneetiliste markerite poolt tekitatud või lõhutud mikroRNAde seondumisealade ning mikroRNAde toimemehhanismi ja geenide ekspressiooni tasemete vahel, aga leidsime mitu vähkkasvajatega seotud markerit, mille mõju geenide avaldumisele toetab mikroRNAde tähtsat rolli geeniekspressiooni regulatsioonis. Seega on järgmise 10 aasta põhiülesanne uurida, millistes rakutüüpides ja missuguste molekulaarsete mehhanismide ning geeniradade kaudu mõjutavad haigusseoselised geneetilised markerid inimeste heaolu. Vastus nendele küsimustele aitaks meid sammukese lähemale inimese genoomi kohta kogutud info rakendamisele ravimiarenduses ja kliinilises praktikas.
Imprinted genes and imprinting control regions show predominant intermediate methylation in adult somatic tissues
(Epigenomics, 2016-03) Pervjakova, Natalia; Kasela, Silva; Morris, Andrew P; Kals, Mart; Metspalu, Andres; Lindgren, Cecilia M; Salumets, Andres; Mägi, Reedik
Genomic imprinting is an epigenetic feature characterized by parent-specific monoallelic gene expression. The aim of this study was to compare the DNA methylation status of imprinted genes and imprinting control regions (ICRs), harboring differentially methylated regions (DMRs) in a comprehensive panel of 18 somatic tissues. The germline DMRs analyzed were divided into ubiquitously imprinted and placenta-specific DMRs, which show identical and different methylation imprints in adult somatic and placental tissues, respectively. We showed that imprinted genes and ICR DMRs maintain methylation patterns characterized by intermediate methylation levels in somatic tissues, which are pronounced in a specific region of the promoter area, located 200–1500 bp from the transcription start site. This intermediate methylation is concordant with gene expression from a single unmethylated allele and silencing of a reciprocal parental allele through DNA methylation. The only exceptions were seen for ICR DMRs of placenta-specific imprinted genes, which showed low levels of methylation, suggesting that these genes escape parent-specific epigenetic regulation in somatic tissues.