Sirvi Autor "Kivisaar, Maia, juhendaja" järgi
Nüüd näidatakse 1 - 20 20
- Tulemused lehekülje kohta
- Sorteerimisvalikud
Kirje Alküültransferaasi-sarnase valgu osalus mutatsiooniprotsessides bakteris Pseudomonas putida(Tartu Ülikool, 2013) Laak, Kaarel; Saumaa, Signe, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendaja; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool, Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje Bakteripopulatsioonide evolutsioneerumine m-kresooli sisaldavas keskkonnas(Tartu Ülikool, 2015) Metsik, Ingrem; Kivisaar, Maia, juhendaja; Ilmjärv, Tanel, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje DNA polümeeraas IV osalus Pseudomonas putida rakkudes toimuvates mutatsiooniprotsessides(2004) Tegova, Radi; Tover, Andres, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendajaKirje DNA reparatsioon Pseudomonas putida rakkudes(2006) Tark, Mariliis; Tover, Andres, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendajaKirje Finding novel factors affecting the mutation frequency: a case study of tRNA modification enzymes TruA and RluA(2022-11-02) Tagel, Mari; Kivisaar, Maia, juhendaja; Ilves, Heili, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkondBakterid suudavad elada kõikjal, kuid karmide ja muutlike keskkonnatingimustega kohanemiseks on aga vaja geneetilist varieeruvust. Bakterites on selle põhiliseks allikaks mutatsioonid. Evolutsiooni mõistmiseks on vaja selgitada molekulaarseid mehhanisme, mis mõjutavad mutatsioonide tekkesagedust. Käesolevas töös kirjeldasin ja analüüsisin uut testsüsteemi, mis võimaldab tuvastada mutatsioonisagedust mõjutavaid faktoreid bakteriperekonnas Pseudomonas. Kirjeldatud testsüsteemi abil õnnestus mullabakteris Pseudomonas putida tuvastada nii varem kirjeldatud kui ka uusi mutatsioonisagedust mõjutavaid geene. Üllatavaim leid oli tRNA modifikatsiooniensüümide TruA ja RluA mõju mutatsioonisagedusele. tRNAd on väikesed molekulid, mis valgusünteesil kannavad valkude ehituskive ribosoomi. Selleks, et paremini oma funktsiooni täita, on paljud nukleotiidid tRNAdes modifitseeritud. Modifikatsioonidel võib olla palju ülesandeid, näiteks aitavad modifikatsioonid tRNAdel saavutada õiget struktuuri või suurendavad translatsiooni täpsust. TruA ja RluA modifitseerivad U nukleotiidi pseudouridiiniks, tehes seda erineval poolel tRNA antikoodonist. Näitasime, et TruA ja RluA tehtud modifikatsioonide puudumisel suureneb P. putidas mutatsioonisagedus. Mõistmaks paremini nende ensüümide olulisust, analüüsisime translatsiooni täpsust, stressi taluvust, proteoomi ja üldist elulemust P. putida TruA ja RluA defektsetes tüvedes. Lisaks sellele selgitasime võrdlevalt TruA ja RluA rolle ka Pseudomonas aeruginosa ja Escherichia coli rakkudes. Saadud tulemustest on näha, kuidas konserveerunud funktsiooniga valgud võivad põhjustada erinevates bakterites erinevaid fenotüüpe. Samuti ilmestab käesolev töö, kuivõrd mitmekesised ja ootamatud tegurid võivad mõjutada DNAs mutatsioonide teket.Kirje „Mutageensuse“ operoni osalus Pseudomonas putida rakkudes toimuvates mutatsiooniprotsessides(Tartu Ülikool, 2015) Maljavin, Artemi; Jatsenko, Tatjana, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje Mutagenic effect of transcription and transcription-coupled repair factors in Pseudomonas putida(2020-07-10) Ukkivi, Kärt; Kivisaar, Maia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkondEnamuse oma elust looduslikes tingimustes on bakterid toitainete näljas ja stressis, mis tuleneb pidevalt muutuvatest keskkonnatingimustest. Üheks mooduseks uute tingimustega kohaneda on mutatsioonide teke, mis võimaldab bakterite kiiret evolutsioneerumist. Kuna mutatsioonid võimaldavad bakteritel saavutada resistentsuse antibiootikumide suhtes või omandada kaitse peremeesorganismis immuunsüsteemi rünnaku eest, on oluline mõista mehhanisme, mis soodustavad geneetiliste muutuste teket. On välja pakutud, et eluks hädavajalik protsess RNA süntees ehk transkriptsioon võib soodustada mutatsioonide teket, kuid transkriptsiooni täpne roll ja mehhanism mutatsiooniprotsessides on veel selgitamisel. Lisaks on ebaselge transkriptsiooniga kaasneva DNA repartasiooni roll mutatsioonide tekkes. Bakterites vahendavad transkriptsioonseoselist reparatsiooni valgud Mfd ja UvrD. Kuigi transkriptsiooniseoseline reparatsioon eemaldab DNA-lt vigu ja peaks seetõttu vähendama mutatsioonide tekkesagedust, on mitmed uurimustööd hiljuti näidanud, et Mfd-st sõltuv rada osaleb ka mutatsioonide tekitamises. Antud doktoritöö eesmärk oli välja selgitada transkriptsiooni ja transkriptsiooniseoselist reparatsiooni vahendavate valkude Mfd ja UvrD mõju mutatsioonide tekkele mullabakteris Pseudomonas putida. See bakter kuulub suurde pseudomonaadide perekonda, mille liikmed on metaboolselt väga mitmekülgsed ja võimelised kiiresti kohanema muutuvate keskkonnatingimustega. Mitmed selle perekonna liikmed on huvi pakkuvad ka oma biotehnoloogilise rakendatavuse või patogeensuse tõttu. Doktoritöö tulemused näitavad, et tranksriptsioon on rakusisene protsess, mis soodustab geneetiliste muutuste teket bakteris P. putida - testgeeni transkriptsiooni taseme tõstmisel suurenes ka mutatsioonide tekkesagedust. Ka transkriptsiooniga kaasneval DNA parandamisel on roll mutatsioonilistes protsessides - UvrD valk osaleb mutatsioonide ära hoidmises, samas kui Mfd soodustab teatud tingimustes mutatsioonide teket ja võib seeläbi kaasa aidata bakterite evolutsioneerumiseleKirje NER-i valkude osa homoloogilise rekombinatsiooni toimumisel Pseudomonas putida kromosoomis(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Arge, Marge; Sidorenko, Julia, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje NHEJ ensüümide osalus mutatsiooniprotsessides bakteris Pseudomonas putida(Tartu Ülikool, 2013) Kana, Ülvi; Kivisaar, Maia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje Pseudomonas putida glutamiini süntetaaside osalus mutatsiooniprotsessides(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Elmik, Johanna; Kivisaar, Maia, juhendaja; Tagel, Mari ,juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje Pseudomonas putida mutatsiooniprotsesside sõltuvus kromosomaalsest lokalisatsioonist ja rakkudevahelisest kommunikatsioonist(Tartu Ülikool, 2013) Ilmjärv, Tanel; Ilves, Heili, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje Rakkude füsioloogilisest seisundist tulenevad kontrollmehhanismid Pseudomonas putida fenooli degradatsiooni operoni pheBA transkriptsiooni regulatsioonil(2004) Putrinš, Marta; Tover, Andres, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendajaKirje Regulation of transcription from the fusion promoters generated by transposition of Tn4652 into the upstream region of pheBA operon in Pseudomonas putida(2005) Teras, Riho; Kivisaar, Maia, juhendajaKirje Regulation of transcription of the phenol degradation pheBA operon in Pseudomonas putida(2005) Tover, Andres; Kivisaar, Maia, juhendajaKirje Role of translesion DNA polymerases in mutagenesis and DNA damage tolerance in Pseudomonads(2018-07-09) Jatsenko, Tatjana; Kivisaar, Maia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkondKahjustused DNA-s, mis tekivad kas rakkude normaalse elutegevuse käigus või erinevate keskonnategurite mõjul (näiteks UV-kiirgus, DNA-d kahjustavad kemikaalid), pärsivad genoomi replikatsiooni, takistades replikatiivse DNA polümeraasi edasiliikumist. Pikaajaline replikatsiooni seiskumine võib osutuda rakkudele letaalseks. Selleks, et DNA replikatsioon saaks jätkuda ka kahjustatud DNA-lt, on välja kujunenud DNA kahjustuste tolereerimise mehhanismid. Üheks neist on DNA kahjustustest ülesüntees (translesion DNA synthesis, TLS), mida viivad läbi spetsialiseeritud DNA polümeraasid. Need polümeraasid jätkavad DNA sünteesi kahjustatud nukleotiidi kohalt, tagades organismi ellujäämise DNA kahjustuste olemasolul. Samas võib vigaderohke süntees viia mutatsioonide tekkeni, mis on alusmaterjaliks evolutsioonile, kuid põhjustavad ka geneetilisi haigusi. Näiteks bakteritel on TLS polümeraaside toimel tekkinud geneetiline variantsus oluline antibiootikumide resistentsuse ja infektsioonivõime kujunemisel. TLS polümeraasid on potentsiaalseks märklauaks nii antibakteriaalses ravis kui ka vähiteraapias. Minu doktoritöö eesmärgiks oli selgitada TLS polümeraaside funktsioone, eeskätt nende võimalikku rolli mutatsiooniprotsessides ning DNA kahjustuste tolereerimisel perekonda Pseudomonas kuuluval mullabakteril P. putida ja inimese oportunistlikul patogeenil P. aeruginosa. Pseudomonaadidel on kolm TLS polümeraasi: Pol II, Pol IV ja ImuABC. Uurimistöö tulemused viitavad sellele, et bakteris P. putida võivad TLS polümeraasid osaleda DNA sünteesil DNA polümeraasi Pol I puudumisel. Lisaks selgus, et Pol IV ja ImuABC on olulised DNA alküülkahjustuste talumisel. Kui ImuC viib läbi vigaderohket sünteesi, suurendades mutatsioonide arvu, siis Pol IV ületab DNA alküülkahjustusi väga täpselt. Üllatuslikult selgus, et bakterite inkubeerimise temperatuur mõjutab DNA alküülkahjustuste tolereerimist ja/või reparatsiooni efektiivsust.Kirje Statsionaarse faasi sigma faktori RpoS osalus Pseudomonas putida nälgivas populatsioonis toimuvates adaptatsiooniprotsessides(2006) Tarassova, Kairi; Tover, Andres, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendajaKirje Stress-induced transposition of Tn4652 in Pseudomonas putida(2006) Ilves, Heili; Hõrak, Rita, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendajaKirje Transkriptsiooni ja transkriptsiooniga seotud DNA reparatsiooni mõju mutatsiooniprotsessidele bakteris Pseudomonas putida(Tartu Ülikool, 2013) Ukkivi, Kärt; Kivisaar, Maia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje Uute mutatsioonisagedust mõjutavate geenide identifitseerimine bakteris Pseudomonas putida(Tartu Ülikool, 2014-06-17) Tagel, Mari; Kivisaar, Maia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje UvrD ja geeni PP3681 poolt kodeeritud helikaasi roll mutatsiooniprotsessides bakteris Pseudomonas putida(Tartu Ülikool, 2015) Injarabian, Louise; Kivisaar, Maia, juhendaja; Ukkivi, Kärt, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut