Browsing by Author "Kolde, Raivo"

Now showing 1 - 5 of 5

Co-expression queries across multiple experiments
(2008-05-27T09:40:56Z) Kolde, Raivo
Design of a framework to detect temporal clinical event trajectories from health data standardized to the OMOP CDM
(2021-09-15) Künnapuu, Kadri; Ioannou, Solomon; Ligi, Kadri; Kolde, Raivo; Laur, Sven; Vilo, Jaak; Rijnbeek, Peter; Reisberg, Sulev
Methods for re-using public gene expression data
(2014-05-15) Kolde, Raivo
Avalikud geeniekspressiooni andmebaasid sisaldavad andmeid rohkem kui miljoni bioloogilise proovi kohta, mis on pärit sadadest erinevatest kudedest ja haigustest. Sealjuures iga proovi kohta on teda sisuliselt kõigi geenide avaldumismuster. Nii on tekkinud olukord, kus on võimalik sooritada bioloogilisi uuringuid ilma katseid tegemata, kasutades vaid olemasolevaid andmeid. Andmestike suurus aga esitab mitmeid väljakutseid: korrektne analüüs nõuab spetsiifilisi statistilisi teadmisi, vajalik info on peidetud suure hulga ebavajaliku taha ning analüüs ise on töömahukas. Kõik need põhjused takistavad avalike andmete laiemat kasutuselevõttu. Antud töö eesmärk on muuta geeniekspressiooni andmete taaskasutamist, läbi meetodite ja tööriistade arendamise, efektiivsemaks ja kättesaadavamaks. Üks suuremaid probleeme andmete taaskasutamisel on nende ligipääsetavus. Seetõttu oleme loonud kaks veebikeskkonda, mis võimaldavad sooritada keerukaid analüüse avalikel andmetel kasutajasõbralikul moel. Neist esimene visualiseerib embrüonaalsete tüvirakkide kohta käivaid andmeid, mis pärinevad FunGenES konsortsiumist. Teine aga võimaldab otsida sarnase käitumisega geene üle sadade avalike andmestike. Teostades analüüse üle paljude andmestike tekib paratamatult vajadus saadud tulemusi omavahel ühendada. Selleks lõime algoritmi astakute agregeerimiseks, mis on kohandatud just geeni nimekirjade jaoks. Uurides mitmeid andmestikke korraga, on oluline neist kõigist omada sisulist ülevaadet. Selle hõlbustamiseks oleme välja töötanud visualiseerimismeetodi, mis suudab vähese vaevaga tekitada kompaktseid, kuid informatiivseid ülevaateid geeniekspressiooni andmetest. Tutvustatud meetodid ja tööriistad on loodud praktilisi vajadusi silmas pidades ning kõik nad on leidnud juba ka rakendust erinevates uuringutes.
Retseptori internalisatsioonianalüüs
(Tartu Ülikool, 2012) Tetlov, Taavi; Kolde, Raivo; Tover, Andres; Laur, Sven; Tartu Ülikool. Matemaatika-informaatikateaduskond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
Cellomics HCS platvorm on paindlik high-content screening lahendus, mis koos oma lisamoodulitega võimaldab uurida mitmesuguseid erinevaid bioanalüüse alates valkude translokatsioonist kuni rakutsüklite jälgimiseni elus rakkudes. HCS on tõestanud ennast kui tõhus ja paindlik analüüsiviis ning on kasvava tähtsusega nii akadeemilistes uurimustes kui ka farmaatsias ravimiarenduseks. Cellomics Colocalization V3 pildianalüüsiprotkolli kasutades piltidelt võetud mõõdud kinnitavad, et Endoteliin A retseptorvalgu (ETAR) internalisatsiooni aktiivsus Icosageni poolt arendatavates rakkudes käitub reeglipäraselt temale lisatud peptiidi Endoteliin-1 (ET-1) suhtes. Matemaatiliselt on võimalik reeglipära kirjeldada neljaparameetrilise sigmoidse kurviga. Kuna uuritavate andmete jaotused polnud mitte ühegi uuritava parameetri puhul normaaljaotusega, siis määrati matemaatilised mudelid üle andmete mediaanväärtuste. Mudelid valideeriti võrreldes neid one-way ANOVA mudeliga, ning testide tulemusena võib väita, et määratud kurvid iseloomustavad mõõdetud andmeid hästi. Bioloogiline hüpotees, et bioanalüüs töötab, on võimalik kinnitada retseptori ning tema internalisatsiooni sihtpunktiks olevate endosoomide kattuvuse alusel. Efektiivsed peptiidi kontsentratsioonid on internalisatsiooni tööle hakkamiseks 0.29nM, poole aktiivsuse saavutamiseks 1.6nM ning maksimaalse efektiivsuse saavutamiseks 10nM. Lisaks tuvastati töö käigus, et internalisatsiooni on võimalik iseloomustada ka endosoomimärget kasutamata, uurides Kolmogorov-Smirnov kahe valimi testist (K-S test) väljundina saadavaid andmete jaotuvuste kaugusi üksteisest. K-S testi tulemused näitasid ka testi potentsiaali erinevate katsete normaliseerimiseks hilisema võrdluse huvides.
Segujaotuse parameetrite hindamine parandatud Viterbi treeninguga
(Tartu Ülikool, 2005) Kolde, Raivo; Lember, Jüri, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika-informaatikateaduskond; Tartu Ülikool. Matemaatilise statistika instituut