Browsing by Author "Laisk, Triin, juhendaja"

Now showing 1 - 6 of 6

Decoding genetic associations of female reproductive health traits
(2024-05-15) Pujol Gualdo, Natàlia; Laisk, Triin, juhendaja; Mägi, Reedik, juhendaja; Piltonen, Terhi, juhendaja; Arffman, Riikka, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Geneetiline varieeruvus, eriti üksiku nukleotiidi polümorfismid, mõjutavad erinevate komplekshaiguste eelsoodumust. Ülegenoomsed seoseuuringud (GWAS) on leidnud tuhandeid seoseid erinevate geneetiliste variantide ja haiguste vahel. Samas on teadmised naiste reproduktiivtervise tunnuste geneetilise eelsoodumuse osas piiratud, kuna vaid väike osa kõigist GWAS uuringutest keskendub sellele valdkonnale. Populatsioonipõhised biopangad, nagu Eesti geenivaramu, ning rahvastikupõhised sünnikohordid, nagu Northern Finland Birth Cohort 1966, pakuvad väärtuslikku raamistikku selle valdkonna uuringuteks. Tänu metoodika arengule saab GWAS tulemuste põhjal haigusega seotud geneetilistest variantidest liikuda edasi potentsiaalselt mõjutatud geenide, valkude, bioloogiliste radade ja kudedeni. Seega on GWAS uuringud aluseks uutele hüpoteesidele, mida saab kinnitada funktsionaalsete eksperimentide abil. Tunnuste geneetilise komponendi mõistmine on oluline, kuna see võib anda ülevaate haiguse etioloogiast, ja pakkuda uusi võimalusi haigusriskide ennustamiseks ja uuteks ravimsihtmärkideks. GWAS tulemuste põhjal saab koostada ka polügeenseid riskiskoore (PRS), mis annavad kokkuvõtliku hinnangu indiviidi geneetilisele eelsoodumusele teatud tunnuse osas. PRSi abil saab hinnata haigusriske ja lisaks saab seda kasutada vahendina haiguse bioloogia täiendavaks uurimiseks, näiteks seoses kaasuvate haigustega. PRS-id on kesksel kohal nn personaalmeditsiini poole püüdlemisel. Käesoleva doktoritöö eesmärk on dešifreerida naiste reproduktiivtervise teatud tunnuste geneetilisi aluseid ülegenoomsete seoseuuringute abil ning kasutadaa PRS-i nii riskide stratifitseerimisel kui ka tunnuste bioloogia uurimisel. Minu teadustöö ühendab genoomika ja naiste reproduktiivtervise ning loob uusi teadmisi, kasutades selleks suuri genoomikaandmestikke, mida täiendavad elektroonsed terviseandmed ja bioloogilised mõõtmised.
Enneaegse sünnituse kliinilised ja võimalikud pärilikud põhjused
(Tartu Ülikool, 2021) Uuk, Heelika; Inno, Rain, juhendaja; Rull, Kristiina, juhendaja; Laisk, Triin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Enneaegne sünnitus on sündroom, mis puudutab umbes 5% kõikidest Eestis sündinud lastest ning kuni 18% lastest üle maailma. Enneaegne sünnitus mõjutab lisaks enneaegse lapse perekonnale kogu riigi majandust. Enneaegset sünnitust on varases staadiumis väga raske ette ennustada, lisaks jääb umbes pooltel juhtudel enneaegse sünnituse põhjus teadmata. Geneetilised uuringud võivad aga anda uusi teadmisi enneaegse sünnituse bioloogiliste radade kohta ning viia potentsiaalsete geneetiliste biomarkerite kasutamiseni. Enneaegse sünnituse riskiga seostatakse kirjanduse põhjal mitmeid polümorfisme, geenide üles- või allaregulatsiooni ning mitmeid mikroRNA-sid. Hoolimata enneaegse sünnitusega seotud geeniuuringute kiirest arengust ning arvukatest uuringutest, on ees veel suur töö, et toimuks kindlate enneaegset sünnitust ette ennustavate geneetiliste biomarkerite kasutuselevõtt.
FLT1 geeni regulaatoralas paiknevate dinukleotiidi korduste rikka piirkonna alleelse varieeruvuse tuvastamise protokolli väljatöötamine
(Tartu Ülikool, 2021) Oder, Annette; Kikas, Triin, juhendaja; Laisk, Triin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Preeklampsia on raseduskomplikatsioon, mille tüüpnähtudeks on kõrge vererõhk ja proteinuuria. Preeklamptilise raseduse ajal vabastatakse süntsüütsiotrofoblastide stressi tõttu platsentast suures koguses antiangiogeenseid faktoreid. Ühte antiangiogeenset faktorit, sFlt-1, kodeeritakse FLT1 geenilt, mille regulaatoralas asub rohkelt dinukleotiidi korduseid. Need kordused võivad mõjutada FLT1 ekspressioonitaset. Käesoleva töö eesmärk on välja töötada töövoog, et tuvastada FLT1 geeni regulaatoralas olevaid dinukleotiidi korduste alleele.
Genetic susceptibility factors of high-risk human papillomavirus (HPV)
(Tartu Ülikool, 2023) Bartlett, Ksenia Chloe; Laisk, Triin, juhendaja; Koel, Mariann, juhendaja
Cervical cancer is a significant health concern linked to high-risk human papillomavirus (HPV) infection. This study aimed to explore the genetic susceptibility factors associated with high-risk HPV infection using a genome-wide association study (GWAS) approach. The analysis included 3445 cases and 10467 controls, utilizing women with positive high- risk or potentially high-risk HPV test results as cases and those without as controls. The GWAS analysis identified a locus for high-risk HPV infection within the MHC region on chromosome 6p21.3. To further elucidate the specific human leukocyte antigen (HLA) alleles associated with high-risk HPV infection, the signal was mapped, revealing HLA- DQB10603, HLA-DRB11301, HLA-DRB113, HLA-DQA10103, HLA-DQB10602, and HLA-DRB113 as the most significantly associated alleles. In addition, the study identified 15 diagnosis codes with significantly different prevalences in cases and controls, indicating associations between high-risk HPV infection and viral agents, abnormal findings in female genital specimens, malignant neoplasm of the cervix uteri, and other sexually transmitted diseases. Several limitations were encountered, including the absence of a specific code for high-risk HPV infection, which affected sample identification and size. The lack of a replication co- hort necessitates further validation in independent datasets. Furthermore, the transient na- ture of most HPV infections posed challenges in distinguishing controls with no high-risk HPV infection history. In conclusion, this research highlights the need for larger GWAS studies to investigate the genetics of high-risk HPV infection comprehensively. Discovering additional genetic sus- ceptibility factors can enhance prevention strategies and contribute to advancements in per- sonalized medicine.
Investigating the genetic basis of obstetrical diagnoses related to miscarriage and placental biology using genome-wide association study meta-analysis
(Tartu Ülikool, 2023) Jelisaveta, Džigurski; Laisk, Triin, juhendaja; Pujol Gualdo, Natàlia, juhendaja; Mägi, Reedik, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Tehnoloogiainstituut
The triad of genetic, environmental and lifestyle factors contribute to adverse pregnancy outcomes. While the recent work investigating maternal genetic susceptibility to miscarriage has identified several genes involved in placental biology, the specific genetic risk factors of pregnancy complications remain poorly understood. To elucidate the maternal genetic basis of seven distinct obstetrical diagnoses related to miscarriage and placental biology, we conduct a case-control genome-wide association study meta-analysis using population-based data from the Estonian Biobank and the FinnGen study. We identify novel genomic risk loci and propose the most likely associated genes for diagnoses “haemorrhage in early pregnancy” and “premature rupture of membranes”. In addition, we estimate SNP- heritability, provide evidence of shared genetic background between the studied traits, and describe which other diagnoses are more common in women diagnosed with pregnancies with abortive outcomes and placenta-associated pregnancy complications.
Korduva vaginiidi geneetilised riskifaktorid Eesti populatsioonis
(Tartu Ülikool, 2020) Mutli, Evelin; Laisk, Triin, juhendaja; Koort, Kairi, juhendaja; Mändar, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Vaginiit ehk tupepõletik on üks peamiseid põhjuseid, miks naised külastavad günekoloogi. Kõige sagedasemateks diagnoosideks on bakteriaalne vaginoos või vulvovaginaalne kandidaas, mis paljudel juhtudel alluvad halvasti ravile ja kipuvad korduma. Seisund on harva eluohtlik, kuid tegemist on väga ebamugava haigusega, põhjustades tupes, valu, ärritust, probleeme sugueluga, ebameeldivat lõhna, sügelust ning vooluse värvi, konsistentsi ja koguse muutust. Viimastel kümnenditel on püütud leida vaginiidi seost geneetikaga, mis aitaks paremini mõista korduva vaginiidi tekkepõhjuseid, kuid kahjuks pärinevad senised tulemused väiksemahulistest kandidaatgeenide uuringutest, mistõttu on inimese geenide roll vaginiitide tekkes endiselt ebaselge. Üheks usaldusväärseks uurimise võimaluseks on ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs, mille käigus analüüsitakse suure valimi miljoneid geenivariante üle kogu genoomi, et identifitseerida genotüübi ja fenotüübi vaheline assotsiatsioon