Browsing by Author "Liiv, Aivar, juhendaja"

Now showing 1 - 11 of 11

Bacterial ribosome heterogeneity on the example of bL31 paralogs in Escherichia coli
(2022-07-19) Lilleorg, Silva; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Selleks, et ellu jääda, kasvada ja paljuneda, vajavad organismid sadu erinevaid valke, mis toimivad struktuursete komponentide, ensüümide, signaalivahendajate, transpordi- ja säilitusmolekulidena. Lisaks sellele on elutähtis, et valgud oleksid funktsionaalsed sobivas koguses, õigel ajal ja vajalikus kohas – seetõttu on valgusüntees ja selle regulatsioon kesksemaid eluprotsesse. Kõiki valke sünteesivad ribosoomid, RNA-st ja valkudest koosnevad kompleksid. Bakteri ribosoom, selle doktoritöö uurimisobjekt, koosneb kolmest ribosoomi RNAst ja rohkem kui 50 ribosoomi valgust, mis jagunevad kahe subühiku vahel. Eksperimentaalselt on kindlaks tehtud, et nii päris- kui eeltuumsed organismid sisaldavad mõnevõrra erineva ülesehitusega ribosoome. Samas ei ole selle nähtuse – ribosoomide heterogeensuse – bioloogiline tähtsus teada. Käesoleva doktoritöö fookuses on soolekepikese (E. coli) teatud tüüpi ribosoomi valgud (paraloogid), millel on ühine eellane, kuid mis kodeerivad erinevaid valke. Küsimus on, kas E. coli ribosoomid on paraloogide poolest heterogeensed. Mis võiks olla sellise molekulaarse mitmekesisuse roll valgusünteesil ja bakterite kasvu jaoks? E. coli ribosoomide valgulise koostise analüüs tuvastas, et nii kiire kasvu korral kui statsionaarses kasvufaasis esinevad samaaegselt ribosoomi valkude paraloogide poolest heterogeensed ribosoomid. Kasvukatsed näitasid, et ribosoomi valk bL31 paraloogid (bL31A ja bL31B) on olulised, ent mitte samaväärsed bakterite kasvuks madalamatel temperatuuridel. Nimelt annab bL31A olemasolu bakterirakkudele kiire kasvu faasis kasvueelise võrreldes bL31B-ga. bL31A ja bL31B osalevad üksteisega samaväärselt optimaalse translatsiooni initsiatsiooni etapi kiiruse ja ribosoomi subühikute ühendamise tagamisel. Samas näitavad meie tulemused, et võrreldes bL31B-d sisaldavate ribosoomidega on bL31A-d sisaldavad ribosoomid protsessiivsemad ja teevad vähem vigu valgusünteesi käigus. Doktoritöö tulemused avardavad oluliselt teadmisi ribosoomide heterogeensusest bakterites ning ribosoomi valgu bL31 tähtsusest valgusünteesil.
E.coli 23S rRNA V domeeni modifikatsioonid ja nende mõju ribosoomi biosünteesile
(Tartu Ülikool, 2020) Klink, Anastassia; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Ribosoomi funktsiooniks on valgusüntees, see koosneb suurest ja väikesest subühikust ning ribosomaalsest RNA’st (rRNA) ja ribosoomi valkudest (r-valgud). Kõikide organismide ribosomaalne rRNA sisaldab suuremal või vähemal määral modifitseeritud nukleotiide. Modifitseeritud nukleotiididide positsioonid ning modifikatsioonide arv on erinevate organismide lõikes varieeruv. E.coli ribosoomi 36 modifikatsioonidest 13 on koondunud 23S rRNA V domeeni. V domeenis asub peptidüültransferaasne tsenter (PTC), mis on ribosoomi katalüütiliseks tsentriks, kus toimub peptiidsideme süntees. Vaatamata sellele, et modifikatsioonide täpne funktsioon on teadmata, asub enamik modifikatsioonidest funktsionaalselt olulistes kohtades. mis osutab nende tähtsusele
Escherichia coli 23S rRNA heeliks 69 roll ribosoomis
(2004) Karitkina, Diana; Remme, Jaanus, juhendaja; Liiv, Aivar, juhendaja
Escherichia coli ribosomaalsete valkude dünaamika lag-kasvufaasis
(Tartu Ülikool, 2020) Liigus, Anna; Liiv, Aivar, juhendaja; Reier, Kaspar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Ribosoom on rRNA ja r-valkude kompleks, mis vastutab valgusünteesi eest igas organismis. R-valgud on olulised mitte ainult ribosoomi struktuuri hoidmiseks ja selle funktsioneerimiseks, vaid ka ribosoomi biogeneesi koordineeritud protsessi jaoks. Ribosoomide biogenees on vajalik rakkude kasvu ja jagunemise alustamiseks. Escherichia coli rakkudes algab uute ribosoomide süntees hilises lag-kasvufaasis. Selle töö peamine küsimus on, mis juhtub E. coli r-valkudega lag-kasvufaasis? Vastuse leidmiseks kasutati kvantitatiivset mass-spektromeetria (SILAC) meetodit r-valkude uurimiseks rakukultuuri proteoomis. Tulemused näitasid, et statsionaarse kasvufaasi rakkude r-valgud lagunevad lag-kasvufaasis, kuid mittetäielikult. Kas selle põhjuseks on r-valkude spetsiifiline lagundamine või kogu raku proteoomi lagundamine, on edasiste uuringute jaoks avatud küsimus.
Escherichia coli ribosoomi valgu bL31 paraloogide tähtsusest stressitingimustel
(Tartu Ülikool, 2018) Volõnkin, Pavel; Liiv, Aivar, juhendaja; Lilleorg, Silva, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Ribosoom on suur konserveerunud rRNA-valk kompleks, mis viib läbi translatsiooni. Prokarüootne 70S ribosoom koosneb suurest 50S ja väiksest 30S subühikust, mis interakteeruvad teineteisega 12 ribosoomi silla kaudu. Sillakontaktid võivad olla moodustatud RNA-RNA, valk-RNA ja valk-valk interaktsioonide poolt. Ainukese valk-valk interaktsiooniga B1b alamühikuvahelisse silla komponentiks on ribosomaalsed valgud uS19, uS13, uL5 ja bL31. bl31 on üks kahest ribosomaalse valgu geenist, mis on duplitseerinud ehk omab paralooogi E. coli genoomis. Olenevalt CxxC tsinkisiduva motiivi järjestuse olemasolust geenis nimetatakse paralooge vastavalt bL31A (CxxC+) ja bL31B (CxxC-). bL31A asub ribosoomides valdavalt rakukultuuri kasvu alguses. Eelnevatest töödest on teada, et toitainetevaeses ja oksüdatiivse stressi keskkonnas toimub ribosoomis bL31A paraloogi vahetus bL31B vastu. Antud töös selgitati E. coli L31 r-valgu paraloogide bL31A ja bL31B rolli stressitingimustes. Selleks uuriti ribosoomi valgulist koostist lühiajalises stressitingimustes massispektromeetria abil, kasvufenotüüpi pideva stressi ajal ja translatsiooni täpsust in vivo
Escherichia coli ribosoomi valkude L31 ja L36 paraloogide roll valgusünteesil
(Tartu Ülikool, 2013) Hindrimäe, Rain; Kipper, Kalle, juhendaja; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Escherichia coli RNA helikaasi CsdA eraldamine ning selle ATPaasse aktiivsuse iseloomustamine
(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Kulikovitš, Angelina; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Eschericia coli 23S rRNA domeeni V modifikatsioonide tähtsusest
(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Truu, Triin; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Quantity, stability and disparity of ribosomal components in Escherichia coli stationary phase
(2023-11-01) Reier, Kaspar; Liiv, Aivar, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Ribosoomid on molekulaarsed kompleksid, mis esinevad kõikides elusorganismides. Ribosoomide ülesandeks eluslooduses on valkude süntees. Valgud on aminohapetest koosnevad polümeerid, mis viivad läbi mitmeid funktsioone bioloogias. Osadel valkudel on katalüütiline aktiivsus, samas teistel on mehhaaniline või struktuurne roll eluslooduses. Huvitaval kombel koosnevad ribosoomid ise valkudest, ergo nende peamise funktsiooni, valgusünteesi produkt, on vajalik nende endi efektiivseks funktsioneerimiseks. R-valkude uurimine on hädavajalik selleks, et mõista molekulaarseid mehhanisme, nagu näiteks antibiootikumide resistentsus, valgusünteesi regulatsioon & kontroll ning ribosoomide kokkupanemine & lagundamine. Selles töös uuriti ribosoomide stabiilsust ning võimekust valke sünteesida statsionaarses kasvufaasis, ennekõike keskendudes r-valkudele. Statsionaarne kasvufaas kirjeldab bakterite elutsükli osa, kus nende kasv on piiratud. Töös on näidatud kuidas mudelorganismi Soolekepikese ribosoomide valguline koostis muutub üleminekul statsionaarsesse kasvufaasi. Huvitaval kombel muutub ribosoomide valguline koostis mitte ainult statsionaarse kasvufaasi alguses, vaid ka statsionaarse kasvufaasi süvenedes. Korrelatsioonis ribosoomi valgulise koostise muutusega, näeme ka ribosoomi valgu sünteesi aktiivsuse muutust statsionaarse kasvufaasi käigus. Lisaks sellele näitame kuidas erineb individuaalsete r-valkude stabiilsus statsionaarses kasvufaasis. Stabiilsuse põhjal jagunevad r-valgud kahte gruppi: 30 stabiilset r-valku ning 21 ebastabiilset r-valku. Saadud tulemused täiendavad meie teadmisi ribosoomide ning nende poolt läbi viidava valgusünteesi kohta mitte-optimaalsetes kasvu tingimustes.
Ribosoomide heterogeensusest Escherichia coli L31 näitel
(Tartu Ülikool, 2014-06-16) Lilleorg, Silva; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Vabanemisfaktorite RF1 ja RF2 lüliti lingu interaktsioonid pseudouridiinidega ribosoomi 23S rRNA heeliksis 69
(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Reier, Kaspar; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut