Browsing by Author "Lutsar, Irja, juhendaja"

Now showing 1 - 5 of 5

Coagulase-negative staphylococci in gut of preterm neonates and in breast milk of their mothers
(2017-09-22) Soeorg, Hiie; Lutsar, Irja, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Koagulaas-negatiivsed stafülokokid (KoNS), peamiselt Staphylococcus epidermidis, on sagedased seedetrakti ja nahka koloniseerivad ning samas ka hilist sepsist põhjustavad bakterid enneaegsetel vastsündinutel. Sepsist põhjustavad tüved omavad virulentsust suurendavaid geene ja satuvad vereringesse nahalt veresoonekateetrite kaudu, kuid ka translokatsiooni seedetraktist peetakse võimalikuks. Oma ema rinnapiimaga toitmine vähendab sepsise tekkeriski, olles arvatavasti vähemvirulentsete tüvede allikas vastsündinu jaoks. Käesoleva uurimistöö eesmärk oli kirjeldada enneaegsete vastsündinute seedetrakti ja naha ning nende emade rinnapiima kolonisatsiooni KoNS-dega ning hinnata kolonisatsiooni seost sepsise tekkega. Kokku kahes uuringus isoleeriti KoNS 276 vastsündinute intensiivravi osakonda hospitaliseeritud vastsündinu seedetraktist ning 49 enneaegse ja 20 terve ajalise vastsündinu seedetraktist ja nahalt ning emade rinnapiimast. KoNS genotüpeeriti ning määrati virulentsusega seotud geenide olemasolu. S. epidermidis koloniseeris peaaegu kõiki enneaegseid ning kõiki ajalisi vastsündinuid ja emasid. Esimesel elunädalal olid peaaegu kõik ajalised, kuid vähem kui veerand enneaegsetest vastsündinutest koloniseeritud ema rinnapiimas olevate tüvedega. Enneaegsed võrreldes ajaliste vastsündinutega olid koloniseeritud virulentsemate tüvedega. Rohkem kui pooltel enneaegsetest vastsündinutest, kellel tekkis KoNS poolt põhjustatud sepsis, oli sepsist põhjustav tüvi seedetraktis ja pooltel nahal enne sepsise teket. Ühegi ema rinnapiimast sepsist põhjustavaid tüvesid ei isoleeritud. Võrreldes ajalistega oli enneaegsete vastsündinute emade rinnapiimas sagedamini virulentsemaid S. epidermidis tüvesid, nendega koloniseerumise riski suurendas ema haiglas viibimine esimese kuu jooksul pärast sünnitust. Siiski olid enneaegsete vastsündinute emade rinnapiima tüved vähem virulentsed võrreldes enneaegseid vastsündinuid koloniseerivate tüvedega ja esimese elukuu lõpuks koloniseerisid suurt osa vastsündinutest. Kokkuvõttes, seedetrakt võib olla sepsist põhjustavate KoNS tüvede allikas enneaegsetel vastsündinutel. Ema rinnapiimas leiduvad vähem virulentsed tüved asendavad algselt seedetrakti koloniseerivad virulentsemad tüved.
HIV-1 CRF06_cpx env V3 piirkonna mitmekesisus ja selle seos CCR5 ja tema ligandide genotüüpidega
(2010-08-19) Uibopuu, Helen; Tartu Ülikool. Arstiteaduskond; Tartu Ülikool. Mikrobioloogia instituut; Lutsar, Irja, juhendaja
Inimese immuunpuudulikkuse viirus-1 (HIV-1) tüved on võimalik jagada järjestuse järgi gruppideks M, N, O ja P. Grupp M jaguneb omakorda alatüüpideks A-D, F-H ja J-K ja tsirkuleerivateks rekombinantseteks vormideks (CRF - ingl k circulating recominant forms). Eestis leviv HIV epideemia on põhjustatud peamisel CRF06_cpx rekombinatset tüüpi viiruste poolt ning CRF06_cpx ja A1 tüüpi viiruste rekombinantide poolt. Lisaks on võimalik jagada viiruseid vastavalt nende võimele nakatada erinevaid rakke ehk viiruste troopsusele. Nakatamisel seondub HIV peamise retseptorina rakulise lümfotsüütide pinnal ekspresseeritud CD4 retseptoriga ja koretseptoriga, milleks võivad olla peamiselt monotsüütide ja makrofaagide pinnal ekspresseeritud CCR5 (R5 troopsed viirused), peamiselt T-rakkude pinnal ekspressseeritud CXCR4 (X4 troopsed) või mõlemad korraga (R5X4 troopsed). Peale nakatumist on peamiselt levinud R5 troopsed viirused, kuid haiguse hilisemates staadiumites suureneb X4 troopsete viiruste esinemissagedus. Selle tõttu on seostatud X4 troopsete viiruste esinemist haiguse halvema progrnoosiga. HIV nakkuse kulgu mõjutavate geneetiliste faktorite olulisust näitab viirusele eksponeeritud inimeste erinev HIV-ga nakatumise tõenäosus ja nakkuse kulg. On näidatud, et mitmed geenid, nagu HIV koretseptor CCR5 kodeeriv CCR5, ja retseptori ligande kodeerivad geenid CCL3L1 ja CCL5 mõjutavad haiguse kulgu. Antud uuringu peamiseks eesmärgiks oli uurida, kas viiruse troopsuse ja inimese geneetiliste faktorite vahel esineb seos. Uuringusse kaasatud viirused olid kogutud Eesti süstivatelt narkomaanidelt ajavahemikus 2006-2007. Viiruste RNA eraldati plasmast ning sekveneeriti viiruse troopsust mõjutav V3 piirkond. Järjestuste järgi konstrueeriti fülogeneetiline puu. Viiruste oletatavat troopsust hinnati kõigi olemasolevate genotüübiliste troopsuse hindamiste klassifikaatoritega. Uuringusse kaasatud isikute geneetilised markerid olid määratud eelnevates uuringutes. 96% isoleeritud viirustest kuulus monofüleetilisse CRF06_cpx rekombinantsete viiruste gruppi. Järjestuste analüüsil leiti 15% viiruste puhul V3 konserveerunud GPG järjestuses esimeses positsioonis G asendus A-ga. Varasemalt on sellist mutatsiooni seostatud viiruse nakatumisvõime kadumisega, kuid antud uuringu tulemused seda ei kinnita. Troopsuse hindamiseks kasutatud klassifikaatoreid võrreldi vastavalt nende võimele hinnata viiruse troopsust CRF06_cpx tüüpi viiruste puhul. X4 troopsete viiruste hulk varieerus erinevate klassifikaatorite puhul olulisel määral (0-64%). Vastavalt klassifikaatorite tulemustele, uuringusse kaasatud viiruste ja ka inimpopulatsiooni eripäradele, võib oletada, et sobivaimateks meetoditeks CRF06_cpx tüüpi viiruste troopsuse hindamisel on B-alatüüpi viiruste järgi väljatöötatud klassifikaatorid. Oletuse kinnituseks tuleks viia läbi tulemuste valideerimine võrdluses fenotüübiliste testidega. Uuringu tulemusel leiti oluline seos viiruse genotüübilisel testil Geno2pheno leitud X4 troopsuse ja CCR5 haplotüübi HHE vahel. Töö tulemusena selgus, et inimese geneetilised markerid on seotud teatud genotüübilise troopsuse klassifikaatoriga X4-troopseteks määratud viiruste esinemisega. Kuna praeguseks ei ole valideeritud genotüübilisi troopsuse klassifikaatoreid CRF-tüüpi viirustele, siis ei olnud võimalik teha otseseid järeldusi geneetiliste markerite ja HIVi troopsuse kohta. Vaatamata sellele viitab leitud seos, et peremeesorganismipoolsed markerid võivad mõjutada viiruse järjestuse varieeruvust ja seeläbi troopsuse hindamist kasutatud algoritmidel.
The influence of coinfections and host genetic factor on the susceptibility to HIV infection among people who inject drugs
(2019-05-09) Jõgeda, Ene-Ly; Lutsar, Irja, juhendaja; Huik, Kristi, kaasjuhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Parenteraalne ülekanne on kõige efektiivsem HIV-i ülekandetee. Sellest lähtuvalt peetakse süstivaid narkomaane (SN) üheks kõige haavatavamaks grupiks. SN-de seas läbi viidud uuringud on paljastanud mitmeid isikuid, kes riskikäitumisele vaatamata ei nakatu HIV-ga. Lisaks geneetilistele polümorfismidele võivad HIV-i nakatumist mõjutada ka kaasuvad infektsioonid, mis suurendavad immuunsüsteemi koormust ja võivad seeläbi mõjutada organismi vastuvõtlikkust. Mõned viirused, nt inimese T-lümfotroopne viirus (HTLV) ja inimese pegiviirus (HPgV), avaldavad HIV-le inimese seisukohast kasulikku mõju. Käesoleva uurimustöö eesmärgiks oli HIV-ga kaasuvate infektsioonide (HTLV-1/2, HPgV) ja interferoon-lambda-4 (IFNλ4) geenis paikneva polümorfismi kirjeldamine ning nende mõju hindamine HIV-i nakatumisele. Selleks kaasati 345 SN-i, kontrollgruppidena kasutati terveid vabatahtlikke ja veredoonoreid. HTLV-1/2 määramisel tuvastasime ühe HTLV-2 positiivse SN-i, teised olid HTLV-1/2 negatiivsed. Kõik terved vabatahtlikud olid HTLV-1/2 negatiivsed. HPgV vireemiat esines kolmandikul SN-del, kuid antikehade esinemine oli oluliselt harvem. Tervete vabatahtlike seas oli HPgV vireemia viis korda madalama sagedusega, kuid antikehade sagedus oli sarnane SN-dega (vastavalt 1,7% ja 2,3%). Kõrge HPgV vireemia SN-de seas võib osaliselt tuleneda nende riskikäitumisest, aga ka HIV-i ja teiste infektsioonide poolt tekitatud immuunsüsteemi kahjustustest, mille tulemusena ei suudeta HPgV-st vabaneda ning infektsioon muutub krooniliseks. Madal HPgV antikehade tase võib tuleneda HPgV iseärasustest – vireemiale ei järgne alati antikehade teke ja tekkinud antikehad võivad kaduda. IFNλ4 rs12979860 puhul ei leidnud me seoseid rs12979860 genotüüpide ja HCV-ga nakatumise vahel. Samas, rs12979860 TT genotüübi kandjatel olid ligi kaks korda suuremad šansid olla HIV positiivne. Interaktsioonanalüüs näitas, et TT genotüübi avaldatud mõju vähenes süstimisaja kasvades. Kokkuvõttes on HTLV-1/2 väga harva esinev, mistõttu pole rutiinne testimine HTLV-1/2 suhtes tõenäoliselt kulutõhus. Samas on HPgV SN-de seas sage ning võib mõjutada HIV-i kulgu siin piirkonnas. IFNλ4 rs12979860 mõjutab küll HIV-i nakatumist, kuid jätkuv riskikäitumine vähendab antud polümorfismi mõju suurust.
The influence of immunological markers to susceptibility to HIV, HBV, and HCV infections among persons who inject drugs
(2017-03-17) Kallas, Eveli; Lutsar, Irja, juhendaja; Avi, Radko, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond.
Inimese immuunpuudulikkuse viirus (HIV), B-hepatiidi viirus (HBV) ja C-hepatiidi viirus (HCV) põhjustavad nii maailmas kui ka Eestis mitmeid terviseprobleeme. Nende viiruste nakatumisteed on sarnased ja seega on sagedane samaaegne haigestumine nii HIV kui ka hepatiidi viirustega. Eriti suur on probleem süstivate narkomaanide (SN) seas. Kuigi süstimise teel levivad HIV, HBV ja HCV väga efektiivselt, on mitmeid inimesi, kes nende viirustega ei nakatu (eksponeeritud seronegatiivsed inimesed – ESN). Siiani ei ole teada nende mitte-nakatumise põhjuseid, kuid vastavate mehhanismide väljaselgitamine võib aidata võidelda viirusnakkuste levikuga või hõlbustada uute ravimite välja töötamist. Varasemad uuringud seksuaalsel teel eksponeeritute seas on näidanud, et HIV-i nakatumist mõjutavad ka inimese geneetilised ja immunoloogilised faktorid, sealhulgas T rakkude hulk ning jaotus. Käesoleva töö eesmärgiks oli kirjeldada, kuidas T rakkude jaotus ja interleukiin 10 (IL-10) polümorfismid mõjutavad HIV-i nakatumist ja kuidas HIV-i koosesinemine HBV ja HCV-ga ning süstiv narkomaania mõjutavad T rakkude jaotust SN-idel. Uuringusse kaasati 345 SN-i ja 496 veredoonorit ning T rakkude analüüsiks lisaks 45 vanusele ja soole kohandatud tervet vabatahtlikku. Interleukiin 10 (IL-10) polümorfismid määrati reaalaja PCR-iga ning T rakkude analüüs teostati voolutsütomeetriga. Uuringus leiti, et IL-10 –1082A ja –592A alleelid kaitsevad HIV nakkuse eest ja –592AC-d sisaldavad genotüübi paarid kaitsevad HIV ning HBV nakkuste eest SN-ide seas. Sarnaselt seksuaalsel teel nakatunud ESN-idele, on narkootikume süstivatel ESN-idel kõrgem immuunaktivatsioon, kõrgem CD45RA+RO+ rakkude protsent ja madalam CCR5 ekspresioon kui tevetel vabatahtlikel. HBV+HCV+ kaksiknakkusega SN-idel on muutunud ainult CD4+ rakkude arvukus, mis näitab, et HBV ja/või HCV seropositiivsus omab vähest mõju T raku jaotusele. HIV–HBV–HCV– SN-idel on muutunud mälurakude jaotus, kõrgem immuunaktivatsioon ja rohkem CCR5+ rakke võrreldes tervete vabatahtlikega. Seega mõjutab ka süstiv narkomaania HIV-st, HBV-st ja HCV-st sõltumata T rakkude jaotust.
The use of excipients in medicines administered to neonates in Europe
(2017-02-22) Nellis, Georgi; Lutsar, Irja, juhendaja; Metsvaht, Tuuli, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond.
Abiained on vajalikud erinevate ravimvormide disainimiseks ja väljatöötamiseks. Neil on ravimites erinevaid funktsioone, mis võimaldavad tehnoloogiliselt ravimvormide valmistamist ja parandavad nii toimeaine (stabiilsus, biosaadavus) kui ka lõpliku ravimvormi omadusi (stabiilsus, maitseomadused jt.). Arvestades ainevahetuse iseärasusi, on teatud abiainete kasutamisega seotud riskid enam väljendunud vastsündinutel. Enam kui tuhandest kasutusel olevast abiainest on kõrvaltoimeid vastsündinutel kirjeldatud vaid üksikutel – parabeenid, polüsorbaat 80, propüleenglükool, etanool, bensoehape, naatriumbensoaat, bensüülalkohol, sorbitool, naatriumsahhariin ja bensalkooniumkloriid. Käesolevas töös keskendusime nende potentsiaalse ohtlikkuse seisukohalt enim huvi pakkuvate abiainete (excipients of interest, EOI) kasutuse uurimisele. Meie töö eesmärkideks oli iseloomustada ravimites olevate EOI kasutamise ulatust Euroopa vastsündinute osakondades, s.h. hinnata uuringumetoodika mõju saadud tulemustele, leida EOI manustamisega seotud riskifaktorid ning hinnata ravimite asendamise võimalusi vältimaks EOI manustamist vastsündinutele. Viisime Euroopa vastsündinute osakondades läbi 3-päevase küsimustik- (service evaluation survey, SES) ja ühepäevase hetklevimusuuringu (point prevalence study, PPS). Kahe uuringu metoodika hea omavaheline korrelatsioon andis võimaluse kasutada kogutud tulemusi teineteist täiendavana. Kokku osales SES ja PPS uuringus vastavalt 20 ja 21 Euroopa riiki 115 ja 89 osakonnaga. SES registreeriti 313 toimeainet, mida manustati 1065 erineva ravimpreparaadina. PPS 726-le vastsündinule registreeriti 2199 ravimikorraldust. Kolmandik ravimitest sisaldasid vähemalt ühte EOI; kaks kolmandikku vastsündinutest said nendest vähemalt ühte. Uuritavate demograafilistele parameetritele ja aktiivainete struktuurile tasakaalustatud regressioonanalüüsis leidsime erinevused Euroopa regioonide vahel. Siit järeldasime, et on võimalik asendada ühes riigis kasutatava EOI sisaldav ravimpreparaat teises riigis kasutusel oleva EOI-vaba analoogiga. Leidsime, et ainuüksi sageli kasutatavate ravimite asendamine vähendaks kõigi EOI saavate vastsündinute arvu peaaegu poole võrra. Euroopa vastsündinutele manustatakse sageli EOI, kusjuures alati pole see tegelikult hädavajalik. Olemasolevate asendamisvõimaluste rakendamine säästaks paljud vastsündinud ebavajalikust ekspositsioonist.