Browsing by Author "Maasalu, Katre, juhendaja"

Now showing 1 - 5 of 5

Characterization of the genomic profile of osteosarcoma
(2018-10-26) Ho, Xuan Dung; Märtson, Aare, juhendaja; Maasalu, Katre, juhendaja; Koks, Sulev, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Osteosarkoom (OS) on kõige sagedamini esinev esmase luu pahaloomulise kasvaja vorm. Igal aastal diagnoositakse ligikaudu 3 esmast OS juhtumit miljoni elaniku kohta. Haigus esineb sagedamini noorematel ja meessoost isikutel. Esmased haigussümptomid on mittespetsiifilised, mistõttu võib haigus esmasel pöördumisel tähelepanuta jääda. Sagedamini esineb OS suurtes toruluudes nagu reieluu, sääreluu ja õlavarreluu ning levib sagedamini kopsukoesse. Ehkki keemiaravi kombineerituna operatiivse sekkumisega aitab oluliselt elulemust parandada ei pruugi need aidata tervistuda. Seetõttu on OS-i prognoos halb ning pole muutunud 1980 aastatest. OS-i põhjus ja tekkemehhanism ei ole teada ning seetõttu pole leitud ks uusi raviviise. Viimasel ajal on hoogustunud ODi genoomika uuringud parandamaks selle haiguse tekkemehhanismidest arusaamist. Selle tulemusena on kirjeldatud mitmeid muutusi genoomi struktuuris. Geenide ekspressiooni diferentsiaalanalüüsid on kirjeldanud mitmesuguseid leide, kuid uuringudisainide erinevused ei ole senini võimaldanud saavutada terviklikke tulemusi. Oma töös rakendasime paarisdisaini, kus võrldesime samade isikute kasvajalise ja terve luukoe transkriptoomi. Proovide arvu suurendamiseks kasutasime ka parafiinsisestatud arhiivimaterjali, mis võimaldas hinnata keemiaraviist tingtud transkriptoomi muutusi. Normaalse ja kasvajalise koe vahel leidsime ekspressiooni erinevusi 5000 geeni puhul. Suur osa geene oli seotud luukoe reorganiseerimisega, dediferentseerumise ja invasioonida. Lisaks uurisime ka transposoonide ja korduselementide ekspressiooni muutusi. Tuvastasime SAR ja HSATII elementide ja (CATTC)n lihtjärjestuse üleekspressiooni osteosarkoomi koes. Tegemist on osteosarkoomile spetsifiliste makeritega, mis võivad aidata mõista osetosarkoomi patogeneesi.
Inter- and intrafamilial diversity based on genotype and phenotype correlations of Osteogenesis Imperfecta
(2019-09-16) Zhytnik, Lidiia; Maasalu, Katre, juhendaja; Märtson, Aare, juhendaja; Kõks, Sulev, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Osteogenesis Imperfecta (OI) on haruldane geneetiline haigus, mis on tuntud ka kui “habraste luude haigus”. Patsientide fenotüübid varieeruvad kergest osteopeeniast kuni raskete või isegi letaalsete juhtudeni. Umbes 90% juhtumitest on haiguse peamiseks sihtmärgiks I tüüpi kollageen. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oli tuvastada genotüüpide-fenotüüpide korrelatsioone OI perekondades perekonnasisese ja -vahelise varieeruvusega. Me uurisime OI patsientide kliinilisi tunnused ja kollageeni patogensete variantide spektrit. Analüüsisime de novo kollageeni-OI juhtumeid ja genotüübi-fenotüübi korrelatsioone Eesti, Ukraina ja Vietnami OI patsientidel. Lisaks viisime läbi mittekollageeni-OI patsientide geneetilise sõeluuringu harvaesineva OI vormi (tüüp V) tuvastamiseks. Lõppeesmärgi saavutamiseks analüüsisime perekondade siseseid ja perekondade vahelisi varieeruvusi kollageeni patogensete variantidega OI perekondades. Eestis tuvastasime 90%-l OI patsientidest I tüüpi kollageeni patogensed variantid. Enamus neist põhjustasid kollageeni kvantitatiivse defekti. Ukraina OI patsientidest 64% kandsid I tüüpi kollageeni patogense variandi ja nende hulgas oli kvalitatiivsete ja kvantitatiivsete kollageeni defektide arv peaaegu võrdne. Pooled tuvastatud OI patogensetest variantidest olid varem kirjanduses kirjeldamata. Samuti ei olnud 57%-l patsientidel varasemat OI esinemist perekonnas teada ja haigus ilmnes de novo. Tuvastasime viis perekonda, kellel esineb tüüpi V OI, kuid esinesid varieeruvad fenotüübid, mis mitmel juhul sarnanesid klassikalise kollageen-OI fenotüüpidega. Perekondade sisene ja vaheline varieeruvus korreleerus kollageeni defekti tüübi ja geeniga. Kvalitatiivse kollageeni defektiga patsientidel oli suurem fenotüübiline varieeruvus võrreldes nendega, kellel esines kvantitatiivne kollageeni defekt. Doktoritöö tulemused laiendavad arusaamist Osteogenesis Imperfecta geneetikast, etioloogiast, patogeneesist ja “haprade luude” fenotüübi seostest. Käesolev uuring aitab kaasa OI diagnoosimisele ja edasistele OI-uuringutele, mille eesmärk on parandada OI patsientide elukvaliteeti.
Osteogenesis Imperfecta geneetiline eelsoodumus: eksoomi analüüs Eesti perekondades
(Tartu Ülikool, 2014-06-17) Zhytnik, Lidiia; Maasalu, Katre, juhendaja; Nikopensius, Tiit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Osteogenesis imperfecta in Vietnam
(2017-05-12) Binh, Ho Duy; Maasalu, Katre, juhendaja; Kõks, Sulev, juhendaja; Märtson, Aare, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Osteogenesis imperfecta (OI) on haruldane geneetiline haigus, mida iseloomustab madal luude mass, sagedased luumurrud ja skeleti deformatsioonid. Haigus on tuntud ka kui "habraste luude haigus". Haiguse raskus varieerub kerge vormist kuni letaalseni. Lisaks luude haprusele ja deformatsioonidele võivad esineda sinised skleerad, lühike kasv, hammaste dentiini kahjustus ja kuulmislangus. Umbes 90% OI juhtudest tekib haigus kollageeni geenide mutatsioonist. OI patogenees ja geneetika ei ole aga siiski veel täielikult teada. Samuti pole leitud ka seoseid OI geneetiliste mutatsioonide ja haiguse raskusastme, soo või etniliste rühmadega. Varem OI-d Vietnamis uuritud ei ole. Selle uurimuse eesmärgiks oli kirjeldada haiguse esinemist, kliinilised tunnused ning uurida kollageeni geenide mutatsioone Vietnami patsientidel. Patsientide leidmiseks kontakteerusid uurijad kõigi haiglate, tervisekeskuste ja patsientide ühendustega. Uuringusse kaasati 146 OI patsienti 120-st perekonnast. Nendest 99-s peres ei olnud haigust varem esinenud ja 21 perekonnas oli OI teada. Kõikidel patsiendid olid skeleti deformatsioonid, 34 patsiendil oli luumurrud esinenud juba enne sündi. Kokku oli 18 patsienti (12,33%), kellel oli esinenud elu jooksul üle 30 luumurru. Keskmine luumurdude arv oli 13,23. Skeletivälistest tunnustest sinised skleerad esinesid 117 ja kuulmislangus 26 OI patsiendil. Dentinogeneesi häire esines 60,96% OI patsientidest. Geneetilise analüüsi tulemuste hindamisel leiti tugev korrelatsioon DI ja I tüüpi kollageeni häire esinemise vahel. DI patsientidel esines mitmeid hambumuse häireid ning puuduvate hammaste hulk oli oluliselt suurem võrreldes kontrollgrupiga. Kollageeni COL1A1 mutatsioone esines 36,3%-l ja COL1A2 mutatsioone 23,1%-l patsientidest, mis on madalam võrreldes teiste populatsioonidega. Samuti avastasime mitmeid uudsed patogeenseid variante, mis erineb varasematest uuringutest. Leitud OI patsientide hulk ja raske fenotüübiga patsientide ülekaal näitab, et haigus on Vietnamis suure tõenäosusega jäänud diagnoosimata. Uuringu tulemused näitasid ka väiksemat kollageeni mutatsioonide arvu Vietnami patsientidel võrreldes teistes s.h. Aasia populatsioonidega. Uuring näitas, et Vietnami OI on unikaalne nii fenotüübilt kui genotüübilt.
Utilization of osteoporosis medicines, medication adherence and the trend in osteoporosis related hip fractures in Estonia
(2017-12-05) Laius, Ott; Maasalu, Katre, juhendaja; Kõks, Sulev, juhendaja; Märtson, Aare, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Osteoporoos on krooniline haigus, mida iseloomustab luukoe ainevahetusprotsesside kaldumine luukoe lammutamise poole võrreldes luukoe moodustumisega. Sellest tulenevalt muutuvad inimese luud nõrgaks ning võivad kergesti murduda. Osteoporoosi raviks on olemas efektiivsed ravimid, mis tugevdavad patsientide luukude ning aitavad selle kaudu ära hoida luumurdude teket. Rahvusvahelistest kliinilistest uuringutest teame, et edukas luumurdude arvu vähendav osteoporoosiravi on pikaajaline ning peaks vältama vähemalt kolm aastat. Kuid kõik patsiendid ei võta ravimeid nii nagu arst on neile määranud. Seda, kuidas patsient arsti poolt välja kirjutatud ravimeid tarvitab ning etteantud annustamise skeemi täidab nimetatakse ravijärgimuseks. Madal ravijärgimus on peamine põhjus, miks patsiendid ei saa ravimitest loodetud kasu. Piisavaks peetakse vähemalt 80% ettenähtud raviannuste võtmist, et osteoporoosiravimi kontsentratsioon patsiendi veres oleks vajalikul tasemel ja ravi tulemus efektiivne. Käesolev doktoritöö uuris osteoporoosiravimite kasutamist, ravijärgimust ning võimalikku mõju osteoporoosist tingitud luumurdude trendile Eestis. Tuvastati, et osteoporoosiravimite kasutamine tõusis oluliselt 2000ndate aastate keskel ning sellele järgnevatel aastatel hakkas reieluu proksimaalse osa murdude arv vähenema. Samuti leiti, et osteoporoosiravimite üldine kasutamine ning keskmine ravimi päevadoosi maksumus muutusid uuringu vältel erisuunaliselt. Viidates, et ravimite hinna langus mõjutab positiivselt ravimite kasutamise üldist taset Ligikaudu 25% patsientidest ei alustanud osteoporoosi ravi ja ei ostnud välja juba esimest retsepti või ostsid ravimi välja ainult ühe retseptiga. 36% ravi alustanud patsientidest võttis vähemalt 80% neile määratud raviannustest vähemalt ühe aasta vältel ning ainult 20% patsientidest tegi seda kolme aasta vältel. Osteoporoosiravimitele tehtud kulutustest 40% läks patsientide raviks, kes ei võtnud piisavat hulka raviannuseid (vähemalt 80%) või kelle ravikuuri pikkus oli alla aasta ning seega ei saanud ravist oodatavat kasu.