Browsing by Author "Milani, Lili, juhendaja"

Now showing 1 - 13 of 13

Bioinformatics approaches in personalised pharmacotherapy
(2019-06-27) Tasa, Tõnis; Vilo, Jaak, juhendaja; Milani, Lili, juhendaja; Metsvaht, Tuuli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Kogutavate terviseandmete hulk kasvab kiiresti. Tänu neile andmetele on meditsiinilise ravi pakkumisel võimalik senisest enam arvesse võtta individuaalseid bioloogilisi andmeid. See doktoritöö käsitleb mitmeid personaalses meditsiinis esinevaid probleeme ja näitab, et ravi individualiseerimiseks kasutatavad andmed tulevad väga erinevatest allikatest. Inimestevahelised erinevused teevad ravimite metabolismi ennustamise keerukaks, siiski on ravi käigus kogutavad kontsentratsioonimõõtmised ravimiefekti hindamisel heaks allikaks. Me arendasime välja täppisdoseerimise tööriista, mis võimaldab vankomütsiini ravil vastsündinutele määrata ravi tõhustavat personaalseid doose kasutades selleks nende endi ravi käigus kogutud kontsentratsioone. Suurema osa ravimiteraapiate puhul ei ole võimalik pidevalt ravimi kontsentratsioone koguda. Nende ülejäänud ravimite puhul on heaks informatsiooniallikaks geneetika. Paljude ravimimetabolismiga seotud geneetiliste variantide mõju on piisav, et tingida muutuseid ravi läbiviimisel. Me uurisime geneetika ja ravimite kõrvalmõjude omavahelisi seoseid kasutades rahvastikupõhist lähenemist. See toetus Eesti Geenivaramu geeniandmetele ja teistele laiapõhjalistele terviseandmete registritele. Me leidsime ja valideerisime seose, et CTNNA3 geenis olev geenivariant tõstab oksikaamide ravil olevate inimeste jaoks kõrvalmõjude sagedust. Arvutuslik geneetika toetub kvantitatiivsetele meetoditele, millest kõige levinum on ülegenoomne assotsiatsiooni analüüs (GWAS). Sagedasti kasutatav GWASi järelsamm on aega nõudev GWASist ilmnenud p-väärtuste visuaalne hindamine teiste samas genoomi piirkonnas olevate geneetiliste variantide kontekstis. Selle sammu automatiseerimiseks arendasime me kaks tööriista, Manhattan Harvester ja Cropper, mis võimaldavad automaatselt huvipakkuvaid piirkondi tuvastada ja nende headust hinnata.
Exploring the genetics of adverse events in pharmacotherapy using Biobanks and Electronic Health Records
(2020-07-11) Krebs, Kristi; Milani, Lili, juhendaja; Metspalu, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Individuaalsed geneetilised variandid võivad mõjutada ravimite efektiivsust ja ohutust ning selle kaudu farmakoteraapia tulemust. Farmakogenoomika valdkonna eesmärk on leida sellised eelsoodumust põhjustavad geneetilised riskitegurid, et ravi personaliseerimise kaudu saavutada soovitud ravivastus. Geneetiliste variantide olulist osa ravimite efektiivsuses näitavad mitmed uuringud, kuid vähem on läbi viidud ravimite kõrvaltoimeid käsitlevaid uuringuid. Kuna kõrvaltoimed esinevad harva, on piisava hulga juhtumite kogumine ja sellega ka nende uurimine keerukas. Populatsiooni põhised biopangad koos elektrooniliste terviseandmetega annavad võimaluse koguda piisavalt suuri valimeid ja leida retrospektiivselt spetsiifilisi fenotüüpe korraga tuhandetele indiviididele. Uurisime oma teadustöös ravimite kõrvaltoimete tekkimist mõjutavate geneetiliste riskifaktorite tuvastamise ja valideerimise võimalusi, kasutades selleks Eesti geenivaramu ja teiste riikide biopankade geeniandmeid koos informatsiooniga ravimite kõrvaltoimete kohta. Me tuvastasime tugeva statistiliselt olulise seose penitsilliiniallergia ja inimese leukotsüütide antigeeni alleeli kandluse vahel ning kinnitasime selle tulemuse kahes täiendavas andmestikus, mis sisaldasid kokku 1,14 miljoni isiku andmeid. Täiendavalt näitame oma töös seost kliinilises arendusfaasis oleva osteoporoosi ravimikandidaadi terapeutilist toimet jäljendavate geneetiliste variantide ja kardiovaskulaarsete kõrvaltoimete vahel, mis illustreerib inimese geneetika uuringute kasutamise võimalusi ravimiarenduses. Oma töös toome välja Eesti geenivaramu andmete alusel loodud potentsiaalselt kulutõhusa, aga samas laiahaardelise alternatiivi selliste geenivariantide tuvastamiseks, mille puhul on olemas soovitused sobiva ravimi valikuks. Leidsime, et selliste inimeste osakaal, kes võivad saada kasu ravimite määramise eelsest geneetilisest testimisest on suur. Kokkuvõtteks anname oma tööga panuse farmakogenoomika valdkonna arengusse, tuues uusi teadmisi farmakoteraapiasse, mis edasiste täiendavate uurimistööde lisandumisel aitavad tuua kliinilisse praktikasse rohkem juhendeid personaalselt sobivate ravimite valikuks.
Genetic regulation of gene expression: detection of tissueand cell type-specific effects
(2017-06-29) Kasela, Silva; Milani, Lili, juhendaja; Fischer, Krista, juhendaja; Metspalu, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Rohkem kui 10 aastat ülegenoomseid assotsiatsiooniuuringuid on leidnud kümneid tuhandeid seoseid komplekstunnuste ja geneetiliste markerite vahel, mis on andnud palju uut infot haiguste etioloogia ning pärilikkuse kohta. Leitud seosed ei viita otse põhjuslikule geneetilisele markerile, vaid märgivad ära genoomi piirkonna, mis mõjutab haiguse saamise riski või tunnuse kujunemist. Paremini aitavad seni kogutud infot mõtestada sellised geneetilised markerid, mis mõjutavad ka geenide avaldumist kui vahepealset tunnust varieeruvate DNA aluspaaride ja fenotüübi vahel. Tähtis on kirjeldada geeniekspressiooni geneetilist regulatsiooni võimalikult paljudes erinevates rakkudes ja kudedes, sest geneetiliste markerite efekt geeniekspressioonile sõltub nii rakutüübist kui ka keskkonnamõjudest. Antud doktoritöö uurib koe- ja rakutüübi-spetsiifilist geenide avaldumise geneetilist regulatsiooni. Me näitame, et täiskasvanu maksakoes mõjutavad geneetilised markerid nende geenide ekspressiooni, mis on seotud üldise ainevahetuse ja ravimite lagundamisega. Me analüüsisime geenide avaldumist ka omandatud immuunkaitses olulist rolli mängivates CD4+ ja CD8+ T-rakkudes. Me leidsime CD4+ T-rakkudes spetsiifilise toimega mittesünonüümse variandi, mis asub IL27 (kromosoom 16) geenis ja mõjutab geenide IRF1 (kromosoom 6) ja STAT1 (kromosoom 2) ekspressiooni, mida kinnitasime ka funktsionaalse katsega ning millel on potentsiaali esimest tüüpi diabeedi ravimisihtmärgina. Lisaks uurisime väikeste mittekodeerivate mikroRNAde ja geneetiliste markerite omavahelist seost geenide avaldumisele. Me ei leidnud seaduspära geneetiliste markerite poolt tekitatud või lõhutud mikroRNAde seondumisealade ning mikroRNAde toimemehhanismi ja geenide ekspressiooni tasemete vahel, aga leidsime mitu vähkkasvajatega seotud markerit, mille mõju geenide avaldumisele toetab mikroRNAde tähtsat rolli geeniekspressiooni regulatsioonis. Seega on järgmise 10 aasta põhiülesanne uurida, millistes rakutüüpides ja missuguste molekulaarsete mehhanismide ning geeniradade kaudu mõjutavad haigusseoselised geneetilised markerid inimeste heaolu. Vastus nendele küsimustele aitaks meid sammukese lähemale inimese genoomi kohta kogutud info rakendamisele ravimiarenduses ja kliinilises praktikas.
Genetic variants revealing the role of STAT1/STAT3 signaling cytokines in immune protection and pathology
(2020-07-11) Kaleviste, Epp; Kisand, Kai, juhendaja; Peterson, Pärt, juhendaja; Milani, Lili, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Tsütokiinid on tähtsad molekulid rakkude omavahelises suhtlemises. Nende uurimine on aidanud leida tõhusaid ravivõimalusi erinevate autoimmuunhaiguste jaoks. Antud uurimistöö keskendub kahele pärilikule haigusele. Üks haigustest on põhjustatud patogeensest variandist geenis STAT1 ning teine geenis AIRE. Mõlema geenidefekti tulemusel tekkinud sündroomile on iseloomulik kroonilise kandidoosi esinemine koos erinevate tsütokiinide funktsioonihäiretega ning autoimmuunsus. Antud STAT1 geeni patogeenne variant põhjustab kroonilist mukokutaanset kandidoosi. STAT1 on faktor, mis osaleb tsütokiinide rakusisestes signaaliülekanderadades. Uuritud STAT1 geeni variandid on erilised selle poolest, et vigaselt geenilt kodeeritud valk on tugevama funktsiooniga, kui normaalselt. Antud töö tulemused näitasid, et seetõttu on viirusevastaste tsütokiinide ehk interferoonide toime patsientide rakkudele võimendunud ning see võib olla põhjuseks, miks neil esineb rohkem autoimmuunseid haigusi. Lisaks on STAT1 patogeense variandiga rakkudes kahjustunud STAT3 faktori töö, mis on vajalik seeninfektsiooni vastaseks kaitseks. Käesolevas doktoritöös uuriti interleukiin (IL)-27 geeni missenssvarianti, mis on seotud kaitsega 1. tüüpi diabeedi eest. Missenssvariandiga geenilt pärit IL-27 oli vähenenud aktiivsusega ning põhjustas madalamat STAT1 märklaudgeenide ekspressiooni võrreldes muutuseta variandiga. AIRE geeni patogeensete variantide tagajärjel tekib autoimmuunse polüendokrinopaatia sündroom, mida iseloomustavad autoantikehad erinevate tsütokiinide vastu. IL-22 on STAT3 faktori kaudu toimiv tsütokiin, mis on oluline patogeenide vastases kaitses. Selles töös leiti, et autoantikehade põhjustatud IL-22 puudus võib põhjustada barjäärifunktsiooni häireid patsientide suu limaskestas. Monogeensete haiguste unikaalsed tunnused võimaldavad uurida tsütokiinide mehhanisme inimese immuunsüsteemis.
I tüüpi interferoonide vastased neutraliseerivad autoantikehad süsteemse erütematoosse luupuse patsientidel
(Tartu Ülikool, 2018) Haljasmägi, Liis; Kisand, Kai, juhendaja; Peterson, Pärt, juhendaja; Milani, Lili, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
I tüüpi interferoonid (IFN) osalevad süsteemse erütematoosse luupuse (SLE) patogeneesis. Antud töö eesmärgiks oli uurida I tüüpi interferoonide vastaste autoantikehade esinemissagedust ja neutraliseerivat aktiivsust SLE patsientidel, ning nende mõju haiguse aktiivsusele. Sõeltestina kasutati lutsiferaasil põhinevat immuunsadestamise meetodit (LIPS) mitme erineva IFN-α subtüübi seguga. Uuriti 476 SLE patsiendi vereseerumit, millest 12% olid positiivsed anti-IFNα autoantikehade suhtes, mis kuulusid IgG1 alaklassi. I tüüpi interferoonide neutraliseerimise aktiivsust hinnati kasutades reporter-rakuliini. Pooltel positiivsetel SLE patsientidel esinesid neutraliseerivad anti-IFNα autoantikehad. IFN-α vastased autoantikehad püsivad peale tekkimist suhteliselt stabiilsena kogu haiguse vältel. IFN-α kontsentratsioon oli negatiivses korrelatsioonis anti-IFNα antikehade tasemega. SLE patsientide kliiniline info vajab täiendavat uurimist, kuid esialgsed tulemused lubavad oletada, et IFN-α-t neutraliseerivad autoantikehad võivad osaleda SLE haiguse aktiivsuse regulatsioonis.
In-depth analysis of factors affecting variability in thiopurine methyltransferase activity
(2017-05-05) Tamm, Riin; Milani, Lili, juhendaja; Metspalu, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Ravimite vähene efektiivsus ja kahjustavad kõrvaltoimed on üks farmakoteraapia oluline probleem. Farmakogenoomika on saamas personaalmeditsiini oluliseks osaks, mille eesmärk on aidata arstil määrata patsiendile ravim või ravimidoos vastavalt tema individuaalsele geneetilisele profiilile. Tiopuriinmetüültransferaas (TPMT) on ensüüm, mis inaktiveerib lapseea leukeemia ja autoimmuunhaiguste ravis ning siirdamisjärgse äratõukereaktsiooni vältimiseks kasutatavaid tiopuriinravimeid. Uuringutest on selgunud, et TPMT aktiivsuse alusel võib inimesed jagada kolme rühma; ~0,3% indiviididest omab väga madalat ensüümi aktiivsust, ligikaudu 11%-l on ensüümi aktiivsus osaliselt vähenenud (nn keskmine) ja 89%-l on ensüümi aktiivsus normaalne. Seega teoreetiliselt on umbes 11% patsientidest ohustatud kõrvaltoimete tekkest tiopuriinravimite standarddooside kasutamisel. Hoolimata mitmetest teadaolevatest TPMT ensüümi aktiivsust vähendavatest TPMT geeni variantidest, on kliinilises praktikas suureks probleemiks TPMT genotüübi-fenotüübi erinevused, eriti nn keskmise ensüümi aktiivsusega indiviidide seas – vähenenud ensüümi aktiivsusega inimesed omavad normaalset TPMT genotüüpi ja vastupidi. See fakt annab alust oletada, et lisaks teadaolevatele TPMT geenivariantidele on veel faktoreid, mis ensüümi aktiivsust mõjutavad. Antud töö kirjeldab TPMT genotüübi-fenotüübi uuringut, mille käigus analüüsiti hetkel teadaolevate TPMT geeni markerite seost ensüümi aktiivsusega ning otsiti uusi, nii mitte-geneetilisi kui ka geneetilisi biomarkereid. Töö tulemusena tuvastasime uue mitte-geneetilise biomarkeri (SAM), mis mõjutab TPMT aktiivsust. Edasised kinnitavad uuringud on olulised selle juurutamiseks kliinilisse kasutusse. Samas, me ei leidnud uusi geneetilisi markereid ja ei kinnitunud teaduskirjanduses varem avaldatud geneetiliste markerite seos (peale TPMT geeni) TPMT ensüümi aktiivsusega. Hetkeseisuga ei ole võimalik kliinilises praktikas kasutada TPMT ensüümi aktiivsuse ja ravimvastuse ennustamiseks ainult TPMT genotüüpi. Hoolimata juhenditest geneetiliste markerite kasutamise ja tulemuste tõlgendamise kohta, tuleb arstidel jälgida patsiendi ravi kulgu kasutuses olevate raviskeemide alusel.
Inimese tiopuriinmetüültransferaasi aktiivsust mõjutavad faktorid maksas
(Tartu Ülikool, 2013) Reim, Mari-Liis; Tamm, Riin, juhendaja; Milani, Lili, juhendaja; Metspalu, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mitme olekuga mudelid depressiooni ja kardiometaboolsete haiguste vaheliste seoste hindamiseks TÜ Eesti Geenivaramu andmete põhjal
(2022) Luitva, Laura Birgit; Kasela, Silva, juhendaja; Milani, Lili, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut
Magistritöö eesmärk on uurida, kas depressioon on riskiteguriks kardiometaboolsetele haigustele. Uuritakse ka depressiooni mõju surmale nii kardiometaboolse haiguse diagnoosiga kui ka diagnoosita indiviididel. Lisaks hinnatakse hüpertensiooni, hüperkolesteroleemia ja erinevat tüüpi antidepressantide kasutuse mõju kardiometaboolsetele haigustele. Töös rakendatakse elukestusanalüüsi meetodeid ning mitme olekuga mudeleid nagu konkureerivate riskide mudel ja haigus-surm mudel. Riske hinnatakse Coxi võrdeliste riskide mudeli abil. Analüüsides on ajaskaalaks vanus ning arvestatakse paremalt tsenseeritud ning vasakult tõkestatud andmetega.
Polügeense riskiskoori mõju II tüüpi diabeedi raskusele ja ravimikasutusele
(Tartu Ülikool, 2022) Kelner, Elisabeth; Jürisson, Mikk, juhendaja; Volke, Vallo, juhendaja; Pisarev, Heti, juhendaja; Milani, Lili, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut
Ravimivastuses oluliste tsütokroom P450 geenide varieeruvuse määramine Eesti populatsioonis
(Tartu Ülikool, 2018) Kõrgesaar, Karin; Krebs, Kristi, juhendaja; Milani, Lili, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Bakalaureusetöö analüüsib ravimi lagundamises osalevate oluliste tsütokroom P450 geenide alleeli sagedusi ja nende põhjal ennustatavaid metabolismi fenotüüpe Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu täisgenoomi andmetest. Kuna CYP2D6 geeni genotüpiseerimine on keerukas väga polümorfse lookuse tõttu, siis määrati antud töös ka geenile koopiaarvu variatsioonide sagedusi. Selle põhjal näitab käesolev töö, miks oleks Eestis vajalik patsientide geneetiline testimine enne ravimi välja kirjutamist arsti poolt.
Seborroilise dermatiidi ülegenoomne seoseuuring
(Tartu Ülikool, 2024) Sigur, Lisett; Milani, Lili, juhendaja; Peterson, Pärt, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Seborroiline dermatiit on sage põletikuline nahahaigus, mille tekkemehhanismid on siiani ebaselged. Haigus avaldub rasustel nahapiirkondadel punetava ja ketendava lööbena, mis allub ravile, kuid kipub perioodiliselt naasma. Haiguse teket soodustavate geneetiliste variatsioonide kirjeldamine aitab paremini mõista selle patogeneesi. Käesolevas bakalaureusetöös otsiti ülegenoomse seoseuuringu abil seborroilise dermatiidi tekkes osalevaid geenivariante. Leiti seitse statistiliselt olulist lookust, mis sisaldavad naharakkude arengut ja immuunsüsteemi reguleerivaid geene ning viitavad Th17 rakkude osalusele haiguse tekkes. Tulemustest terviklike järelduste tegemiseks tuleb teostada täiendavaid analüüse, et kaardistada leitud lookustest põhjuslikke variante ja nende mõju organismi bioloogilistele protsessidele.
Statiinide tarvitamise seos geneetiliste variantidega TÜ Eesti Geenivaramu geenidoonoritel
(2016) Haviko, Enelin; Milani, Lili, juhendaja; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk on Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu geenidoonorite põhjal välja selgitada, kas indiviidid, kellel on kõrvaltoimetega seostatud genotüüp, jätavad statiinide tarvitamise keskmisest sagedamini pooleli. Ühtlasi vaadeldakse, kas tausttunnused nagu vanus statiiniravi alustades ja kehamassiindeks mõjutavad ravimi tarvitamise katkestamist. Rakendatavad statistilise analüüsi meetodid on elukestusanalüüs, sealhulgas Coxi võrdeliste riskide mudel, ja logistiline regressioonanalüüs. Analüüsid, mis viidi läbi Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu ja Eesti Haigekassa digiretseptide andmetega, tuvastasid, et SNP rs4363657 mõjutab statiiniravi katkestamise riski. Statiinide määramisel oleks seega soovitatav kasutada geneetilist testimist.
Tsütokroom P450 2C19 deletsioonide esinemine Eesti populatsioonis
(Tartu Ülikool, 2021) Maal, Kadri; Milani, Lili, juhendaja; Puurand, Tarmo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Tsütokroom P450 on üheks põhiliseks ensüümide perekonnaks inimestel, mis on seotud ravimite lagundamisega. Indiviididel, kellel on polümorfismid tsütokroom P450 geenides, esineb oht kogeda ravimite standardiseeritud annustamise korral kõrvaltoimeid või ravimite ebatõhusat toimet (Meyer, 2004). Personaalmeditsiini eesmärgiks on leida igale inimesele võimalikult individuaalne ennetus- või raviplaan, analüüsides inimese geeniandmeid koos keskkonna-, tervisekäitumise ja terviseandmetega (Personaalmeditsiin, 2019). Tsütokroom P450 2C on üks olulisematest P450 ensüümide alamperekondadest, kuna sinna kuuluvad ensüümid (CYP2C8, CYP2C9, CYP2C18, CYP2C19) lagundavad üle 20% kõigist terapeutilistest ravimitest (Rendic, 2002). Antud töö eesmärgiks oli leida ja katseliselt kinnitada CYP2C19 geeni deletsioone Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu (TÜ EGV) andmete põhjal, määrata kindlaks leitud deletsioonide katkekohad genoomis ning määrata nende deletsioonide esinemissagedused Eesti populatsioonis. GSA mikrokiibi genotüpiseerimise andmete analüüsimisel selgus, et CYP2C19 geeni deletsioonidega indiviidide esinemissagedus Eesti populatsioonis on ligikaudu 1,68%