Browsing by Author "Rajashekar, Balaji"

Now showing 1 - 4 of 4

DNA metülatsiooni analüüs paaride kaupa
(2015) Tulmin, Hans Peeter; Rajashekar, Balaji
Üha süvenev huvi geneetikasse on kaasa toonud epigeneetiliste modifikatsioonide avastamise. Epigeneetilisteks modifikatsioonideks loetakse rakulisi tunnuseid mis pole põhjustatud DNA sekventsis esinevatest erinevustest. Sellistest modifikatsioonidest on enim uuritud DNA metülatsiooni, mis seisneb DNA nukleobaasile metüülrühma lisandumises. Vaatamata sellele, et metülatsiooni ennast on uuritud, vaadatakse metülatsiooni enamasti lugemite kaupa. See, kuidas metülatsiooni esinemisega seotud nukleobaasid teineteist mõjutavad, on suhteliselt tundmatu. Üheks põhjuseks, miks DNA paaride kaupa metülatsiooni piisavalt uuritud pole, võib pidada tööriistade vähesusest. Kahjuks on selle valdkonna kohta avaldatud vaid paar uurimustööd. Selle bakalaureusetöö eesmärgiks on anda lugejale ülevaade paaride kaupa DNA metülatsiooniga seotud eksperimendi läbiviimisest ja esitleda tööriista R paketi kujul, mis võimaldab koguda lugemitest andmeid paaride kaupa metülatsiooni kohta.
gPathways: bioloogiliste radade vaheliste ühenduste visualiseerimise ja identifitseerimise tööriist
(2014) Valdma, Jordan; Rajashekar, Balaji
Molekulaarbiolooia katsed 'omics' vallas, sisaldavad alati katse seisukohast olulisi geenijärjendit. Neid geenijärjendeid uuritakse edasi ühe või mitme arvutusliku meetodiga, et saada lisa informatsiooni geenide kohta. Üks selliseid meetodeid on päringud bioloogiliste radade andmebaasis. Vastavates andmebaasides sisaldub oluline info proteiinide kohta, mis osalevad protsessis, kus toimub jada reaktsioone molekulide vahel, mis viivad produktini. Sellised reaktsioonid toimuvad igas rakus konstantselt. Hetke tööriistad, mis pärivad geenijärjendeid radade andmebaasist, näitavad tabeleid geenide seostest radadega. Tööriistad pakuvad ka võrgustiku visualiseerimist geenide baasil, radade analüüsist. Meie eesmärk oli arendada uudne interaktiivne veebirakendus radade omavaheliste ühenduste visualiseerimiseks ja bioloogiliste radade pärimiseks, globaalses kontekstis. Me summeerime kõik geenid rajas graafi punktina ja servad väljendavad radade vahelisi ühendusi. Rakendus näitab geeni päringute tulemusi ja annab selge ülevaate radade andmestikust, jättes võimaluse pärida ja vaadata detaile. Ülalmainitud graafiliselt rikkalik funktsionaalsus implementeeriti gPathways rakenduses, millele saab ligi lingilt http://biit.cs.ut.ee/gpathways/.
Motiivide leidmine lühikestest peptiididest
(Tartu Ülikool, 2013) Kruup, Mari-Liis; Kull, Meelis; Rajashekar, Balaji; Laur, Sven; Tartu Ülikool. Matemaatika-informaatikateaduskond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
Käesoleva töö eesmärgiks on arendada töövoog, mis leiaks etteantud lühikestest peptiididest sarnaste peptiidide grupid ning esitaks need grupid motiividena. Sellist töövoogu oleks hiljem võimalik kasutada motiivide avastamiseks erinevate indiviidide peptiididest, et leida sarnasusi sama diagnoosiga haigete vahel. Peptiididest motiivide leidmise töövoo koostamiseks kombineeritakse erinevaid üldtuntud meetodeid, bioinformaatika tööriistu ning lisaskripte. Koostatud töövoog põhineb hierarhilisel klasterdamisel, mille abil jagatakse etteantud peptiidid sarnasuse alusel gruppidesse. Leitud gruppe modifitseeritakse, et koostada just sellised grupid, millest igaüks sisaldaks ühte unikaalset motiivi. Lõplikest gruppidest leitakse motiivid, mis visualiseeritakse logodena ning esitatakse ka regulaaravaldise kujul. Leitud motiividele lisatakse skoorid, mis annaksid infot selle kohta, kui hästi iga motiiv just oma peptiidigruppi kirjeldab. Valminud töövoog koostati ning rakendati ühe testindiviidi peal. Töövoo rakendamine oli edukas ning etteantud 277 166 peptiidist suudeti 71.19% jagada 46 motiivigruppi, millest 43 said ka väga head skoorid. Selle töövoo abil on võimalik edaspidi analüüsida erinevaid indiviide, et leida sama diagnoosiga haigetel ühiseid motiive.
The influence of menstrual cycle and endometriosis on endometrial methylome
(Clin Epigenetics, 2016-01) Saare, Merli; Modhukur, Vijayachitra; Suhorutshenko, Marina; Rajashekar, Balaji; Rekker, Kadri; Sõritsa, Deniss; Karro, Helle; Soplepmann, Pille; Sõritsa, Andrei; Lindgren, Cecilia M; Rahmioglu, Nilufer; Drong, Alexander; Becker, Christian M; Zondervan, Krina T; Salumets, Andres; Peters, Maire
BACKGROUND: Alterations in endometrial DNA methylation profile have been proposed as one potential mechanism initiating the development of endometriosis. However, the normal endometrial methylome is influenced by the cyclic hormonal changes, and the menstrual cycle phase-dependent epigenetic signature should be considered when studying endometrial disorders. So far, no studies have been performed to evaluate the menstrual cycle influences and endometriosis-specific endometrial methylation pattern at the same time. RESULTS: Infinium HumanMethylation 450K BeadChip arrays were used to explore DNA methylation profiles of endometrial tissues from various menstrual cycle phases from 31 patients with endometriosis and 24 healthy women. The DNA methylation profile of patients and controls was highly similar and only 28 differentially methylated regions (DMRs) between patients and controls were found. However, the overall magnitude of the methylation differences between patients and controls was rather small (Δβ ranging from -0.01 to -0.16 and from 0.01 to 0.08, respectively, for hypo- and hypermethylated CpGs). Unsupervised hierarchical clustering of the methylation data divided endometrial samples based on the menstrual cycle phase rather than diseased/non-diseased status. Further analysis revealed a number of menstrual cycle phase-specific epigenetic changes with largest changes occurring during the late-secretory and menstrual phases when substantial rearrangements of endometrial tissue take place. Comparison of cycle phase- and endometriosis-specific methylation profile changes revealed that 13 out of 28 endometriosis-specific DMRs were present in both datasets. CONCLUSIONS: The results of our study accentuate the importance of considering normal cyclic epigenetic changes in studies investigating endometrium-related disease-specific methylation patterns.