Browsing by Author "Rausalu, Kai"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 2 of 2
  • Thumbnail Image
    Item
  • Thumbnail Image
    Item
    Alphaviral nsP2 protease: from requirements for functionality to inhibition
    (2023-05-09) Rausalu, Kai; Merits, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
    Alfaviirused on umbes 70 nm diameetriga RNA genoomiga viirused (perekond Alphavirus, sugukond Togaviridae). Üks alfaviirustest on Chikungunya viirus (CHIKV), mis põhjustab haigust, millega kaasnevad piinavad liigesevalud kestavad sageli kuid peale haigestumist. Leevendamaks CHIKV haigusest põhjustatud kannatusi on oluline leida viirusvastaseid ühendeid, mis takistaksid CHIKV paljunemist rakkudes. Selleks on vaja mõista, kuidas kulgeb CHIKV elütsükkel rakkudes. nsP2 on üks CHIKV valkudest, millel on CHIKV infektsiooni ajal mitu funktsiooni. nsP2 on viiruse proteaas ja RNA helikaas, nsP2 osaleb ka raku viirusvastase immunvastuse maha surumises. Proteaasina on nsP2 see viirusvalk, mis lõikab viiruse mittestruktuurse liitvalgu individuaalseteks valkudeks. See protsess on kesksel kohal viiruse elutsükli regulatsioonis. Selle doktoritöö raames uuriti, mis on CHIKV nsP2 proteaasi nõuded funktsionaalsuseks. Leiti, et CHIKV nsP2 on tsüsteiin-proteaas, mis sarnaneb varemuuritud teiste alfaviiruste nsP2 proteaasidega. CHIKV nsP2 aminohappelises järjestuses on tsüsteiin 478 vältimatult vajalik proteaasi aktiivsuse olemasoluks ning kui see tsüsteiin või selle kõrval asuv trüptofaan 479 asendada alaniiniga, siis kaotab CHIKV nsP2 oma proteaasi aktiivsuse. Alfaviiruste mittestruktuurse liitvalgu lõikamine on ajaliselt reguleeritud protsess. Uurisime kuidas mõjutab viiruse mittestruktuursete valkude vaheliste lõikamiste toimumise kiiruse muutmine Semliki Forest viirust (SFV) ning Sindbis viirust (SINV). Leidsime, et SFV ning SINV jaoks on oluline, et viirusvalkude nsP1 ja nsP2 vaheline lõikamine ei toimuks liiga kiiresti. Kiirendatud lõikamine kahandas nende viiruste nakatamisvõimet ning vähendas viiruse RNA-de sünteesi. Viimasena osa doktoritööst moodustab ühe varem-tuntud CHIKV-inhibeeriva ühendi põhjal sünteesitud uudsete potentsiaalsete CHIKV inhibiitorite analüüs, mille tulemusena leiti ühend, mille CHIKV-vastane toime on umbes kümme korda parem kui lähteühendil.