Browsing by Author "Reier, Kaspar"

Now showing 1 - 5 of 5

Quantity, stability and disparity of ribosomal components in Escherichia coli stationary phase
(2023-11-01) Reier, Kaspar; Liiv, Aivar, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Ribosoomid on molekulaarsed kompleksid, mis esinevad kõikides elusorganismides. Ribosoomide ülesandeks eluslooduses on valkude süntees. Valgud on aminohapetest koosnevad polümeerid, mis viivad läbi mitmeid funktsioone bioloogias. Osadel valkudel on katalüütiline aktiivsus, samas teistel on mehhaaniline või struktuurne roll eluslooduses. Huvitaval kombel koosnevad ribosoomid ise valkudest, ergo nende peamise funktsiooni, valgusünteesi produkt, on vajalik nende endi efektiivseks funktsioneerimiseks. R-valkude uurimine on hädavajalik selleks, et mõista molekulaarseid mehhanisme, nagu näiteks antibiootikumide resistentsus, valgusünteesi regulatsioon & kontroll ning ribosoomide kokkupanemine & lagundamine. Selles töös uuriti ribosoomide stabiilsust ning võimekust valke sünteesida statsionaarses kasvufaasis, ennekõike keskendudes r-valkudele. Statsionaarne kasvufaas kirjeldab bakterite elutsükli osa, kus nende kasv on piiratud. Töös on näidatud kuidas mudelorganismi Soolekepikese ribosoomide valguline koostis muutub üleminekul statsionaarsesse kasvufaasi. Huvitaval kombel muutub ribosoomide valguline koostis mitte ainult statsionaarse kasvufaasi alguses, vaid ka statsionaarse kasvufaasi süvenedes. Korrelatsioonis ribosoomi valgulise koostise muutusega, näeme ka ribosoomi valgu sünteesi aktiivsuse muutust statsionaarse kasvufaasi käigus. Lisaks sellele näitame kuidas erineb individuaalsete r-valkude stabiilsus statsionaarses kasvufaasis. Stabiilsuse põhjal jagunevad r-valgud kahte gruppi: 30 stabiilset r-valku ning 21 ebastabiilset r-valku. Saadud tulemused täiendavad meie teadmisi ribosoomide ning nende poolt läbi viidava valgusünteesi kohta mitte-optimaalsetes kasvu tingimustes.
Remodelling of the bacterial ribosome during transition into stationary growth phase
(2018) Lilleorg, Silva; Reier, Kaspar; Peil, Lauri; Liiv, Aivar; Remme, Jaanus
Ribosoomivalkude vahetus Escherichia coli rakkudes
(Tartu Ülikool, 2016) Reier, Kaspar; Liiv, Aivar; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Ribosoomid viivad läbi valkude sünteesi kõikides elusorganismides. Muutused ribosoomi struktuuris on haruldased ning nende mõjud tema efektiivsusele on tugevad. Valguvahetuse jälgimine in vivo tingimustes on vajalik selleks, et mõista selle rolli eluslooduses. Käesoleva töö raames kirjeldatakse meetodit, mille abil näidatakse ribosoomivalkude vahetust erinevates rakkude kasvufaasides in vivo tingimustes. Töö põhjal järeldatakse, et enamus ribosoomivalke on võimelised vahetuma ribosoomides.
The synthesis of the ribosomal proteins of Escherichia coli during stationary growth phase
(2020) Kirillova, Veronika; Reier, Kaspar
The repression of cell growth as a response to starvation leads the bacterial culture to enter stationary growth phase. The cell needs to conserve the energy to survive the starvation. As a result, the metabolic processes of the cell slow down. The ribosome is one of the most energy-consuming organelles, as its main function is to carry out the protein synthesis. The ribosomal proteins have a profound effect on the correct functioning and assembly of the ribosome. To determine whether or not the ribosomal proteins of Escherichia coli are synthesised during stationary growth phase, the changes in the protein quantities over 14 days after the beginning of the growth were calculated. 24 out of 54 ribosomal proteins were found to be synthesised during stationary growth phase. Many of these proteins were found to have a positive effect on the cell during stationary growth phase, such as maintenance of the ribosome structural integrity, for instance, via protein exchange, and self-downregulation of the ribosomal protein synthesis. In estonian: Rakkude kasvu aeglustumisel stressitingimustel siseneb rakukultuuri statsionaarsesse kasvufaasi. Selle tulemusena aeglustub rakkude metabolism ning väheneb nende energiakasutus. Ribosoomid on ühed suurimatest energiatarbijatest rakkudes, viies läbi valkude sünteesi ehk translatsiooni. Ribosoomivalgud osalevad ribosoomi tertsiaalstruktuuri korrektses moodustumises ja funktsionaalsuse tagamises. Selleks, et detekteerida Escherichia coli ribosoomivalkude sünteesi statsionaarse kasvufaasi käigus, kasvatati rakke 14 päeva ning mõõdeti valkude koguse muutust rakukultuuris. Tulemused näitasid, et 24 r-valku 54st sünteesiti rakkudes statsionaarse kasvufaasi käigus. Sünteesitud r-valgud võivad omada positiivset efekti rakkudele, alustades ribosoomivalkude sünteesi repressiooniga ning lõpetades olemasolevate ribosoomide struktuuri terviklikkuse hoidmisega, läbi r-valkude vahetuse.
Vabanemisfaktorite RF1 ja RF2 lüliti lingu interaktsioonid pseudouridiinidega ribosoomi 23S rRNA heeliksis 69
(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Reier, Kaspar; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut