Browsing by Author "Salumets, Ahto"

Now showing 1 - 3 of 3

Bioinformatics analysis of various aspects in immunology
(2024-04-10) Salumets, Ahto; Peterson, Hedi, juhendaja; Peterson, Pärt, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bioinformaatika on interdistsiplinaarne valdkond, mis on segu nii bioloogiast, statistikast kui ka arvutiteadusest. Antud doktoritöös kasutasime bioinformaatilist analüüsi vastamaks mitmesugustele immunoloogilistele küsimustele. Üks töösse kaasatud artiklitest keskendus erinevate T-raku alatüüpide kirjeldamisele. T-rakud on adaptiivse immuunsüsteemi rakud, mis on olulised nii patogeenide eemaldamisel kui ka immunoloogilise mälu kujunemisel. Meil oli täpsemalt fookuses CD8+ TEMRA rakud, mida on varasemalt seostatud mitmesuguste haigustega. Oma töös kirjeldasime antud rakutüübi seoseid muuhulgas DNA metülatsiooniga, mis on raku fenotüübi kujunemiseks oluline keemiline modifikatsioon. Oma töös identifitseerisime sellised DNA positsioonid, mille metülatsiooni põhjal saime luua CD8+ TEMRA rakkude taset ennustava mudeli, mis võiks olla kasulik inimese tervisliku seisundi hindamisel. Ka teises doktoritöösse kaasatud uuringus keskendusime T-rakkudele, kuid sel korral keskendusime DNA metülatsiooni võrdlemisele konventsionaalsete ja immuunvastust supresseerivate regulatoorsete T-rakkude vahel. Me leidsime tuhandeid positsioone DNA-s, mille puhul olid need rakutüübid erinevad metüleeritud, kuid lisaks sellele leidsime ka erinevuse Graves’i tõve riskilookuses. Kuigi me ei suutnud välja selgitada, kuidas antud regioon võiks osaleda Graves’i haiguse väljakujunemisel, siiski loodame, et meie töö inspireerib teisi välja selgitama, kas antud regioonil on mõju regulatoorsete T-rakkude fenotüübile. Kolmandas artiklis uurisime T-raku arengus olulisi tüümuse säsi epiteelrakke. Meie analüüs vihjas, et antud rakutüüp differentseerub sarnaselt keratinotsüütidega ning selle hilisemad staadiumid võiksid olla olulised tüümuses normaalse põletikulise keskkonna loomisel, mis on T-rakkude arengu jaoks oluline. Kahes viimases töösse kaasatud artiklis andsime oma panuse COVID-19 uurimisse. Meie analüüs näitas, et iseäranis just raske COVID-19 kulg on seotud apoptootiliste signaaliradadega. Lisaks leidsime, et isegi asümptomaatilistel inimestel võib SARS-CoV-2 infektsioon kaasa tuua pikaajalise põletikuliste valkude taseme tõusu.
EGF-i, IL1B, IL4 ja IL6 geeni seosed skisofreenia esmase psühhootilise episoodi ja prodroomsete sümptomitega
(Tartu Ülikool, 2016) Salumets, Ahto; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Skisofreenia on multifaktoriaalne neuropsühhiaatriline häire, millel tekkel on olulised nii geneetilised eelsoodumused kui ka keskkonnast tingitud faktorid. Paljud uuringud on viidanud tsütokiinide olulisusele skisofreenia etioloogias ja patofüsioloogias. Käesoleva uurimustöö eesmärgiks oli uurida, kas EGF-i, IL1B, IL4 ja IL6 ühenukleotiidsed polümorfismid võiksid olla seotud skisofreenia esmase psühhootilise episoodi ja prodroomsete sümptomitega. Juht-kontroll uuringusse kaasati 239 isikut, kuhu kuulusid 103 esmase psühhootilise episoodiga patsienti ja 22 prodroomsete sümptomitega isikut ning 114 tervet kontrollisikut. Uuringu tulemusena leiti piiripealne seos IL4 geenis paikneva polümorfismi rs2070874-ga. Lisaks viidi läbi ka haplotüübianalüüs, mille tulemusena leiti statistiliselt oluline seos IL1B geeni rs1143627-rs16944 haplotüübiga. Käesolev uuring viitab, et Eesti populatsioonis võivad antud IL4 ja IL1B geenide polümorfismid olla seotud skisofreeniaga.
Skisofreenia ja IKBKE geeni vahelised seosed
(Tartu Ülikool, 2014-06-12) Salumets, Ahto; Koido, Kati, juhendaja; Nikopensius, Tiit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut