Browsing by Author "Salumets, Ahto, juhendaja"

Now showing 1 - 4 of 4

B-raku retseptorite repertuaari uurimine kahel meetodil
(Tartu Ülikool, 2021) Pomerants, Liisa; Tserel, Liina, juhendaja; Salumets, Ahto, juhendaja; Org, Tõnis, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
B-rakud ja nende toodetud antikehad on olulised omandatud immuunsüsteemi osad. Antikehad neutraliseerivad patogeene ning aktiveerivad teisi immuunsüsteemi osasid. Iga antikeha, membraanes vormis B-raku retseptor, on ühele kindlale antigeenile spetsiifiline. Spetsiifika kujuneb erinevate tugevalt reguleeritud protsesside tulemusel, mille käigus moodustub organismi kõikidest B-raku retseptoritest repertuaar. Repertuaari uurimine on oluline uurimaks immuunvahendatud haigusi, nende tekkemehhanisme ning potentsiaalseid ravivõimalusi. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk oli võrrelda kahte erinevat meetodit tervete inimeste B raku retseptorite repertuaari uurimisel. Lisaks uuriti kahe terve inimese B-raku retseptorite repertuaari klonaalsust, mitmekesisust, geenisegmentide kasutust ning CDR3 järjestuste ülekatet
DNA metülatsioonipõhine CD4+ regulatoorsete T-rakkude analüüs
(Tartu Ülikool, 2022) Salmistu, Anella; Tserel, Liina, juhendaja; Salumets, Ahto, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Regulatoorsed T-rakud (Treg rakud) on olulised organismi immuuntolerantsuse ja immuunsüsteemi homöostaasi säilitamisel. Nende arenguks, funktsiooniks ja stabiilsuseks on vajalikud transkriptsioonifaktor FOXP3 ning Treg rakkudele omase DNA metülatsioonimustri kujunemine. FOXP3 ekspresseeritakse X-kromosoomilt ning tulenevalt geeni asukohast võib FOXP3 CpG saitide metüleeritus erineda soospetsiifiliselt. Rakutüübispetsiifilise epigenoomi alusel on võimalik eristada erinevaid rakutüüpe, seal hulgas ka Treg rakke. Hetkel üheks usaldusväärsemaks Treg rakkude markeriks on FOXP3 geenis paiknev spetsiifiline demetüleeritud regioon. Antud magistritöös uuriti CD4+ Treg rakkude ennustamiseks oluliste CpG saitide metülatsiooniväärtuseid erinevates CD4+ T-raku populatsioonides ning soospetsiifiliselt. Lisaks prooviti välja töötada epigeneetikal põhinevat meetodit, mille kasutamisel oleks võimalik ennustada ja hinnata Treg rakkude osakaalu DNA metülatsioonimustri põhjal.
Prediction of Cell Counts from DNA Methylation
(Tartu Ülikool, 2022) Pähk, Simo; Salumets, Ahto, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
DNA methylation is an epigenetic factor that modulates gene expression. The close relationship between gene expression and cell differentiation serves as a basis for methylationbased cell mixture deconvolution—a method for determining the proportions of constituent cell types in a biological sample. Previous work has demonstrated its usefulness in predicting lymphocyte subtypes in blood samples, but has neglected TEMRA, a type of senescent lymphocyte associated with aging and autoimmune diseases. This thesis sets out to explore the feasibility of estimating the proportions of T cells in various stages of differentiation, including TEMRA, from methylation sequencing data using machine learning. The results show that while prediction accuracy is lower for TEMRA subtypes than for general subtypes such as T cells, it is nonetheless a viable approach for this task, especially since DNA sequencing is cheaper and more scalable than traditional laboratory methods for blood sample analysis.
Qumanize rakenduse analüüs ja sellele veebiliidese loomine
(Tartu Ülikool, 2020) Ruisu, Katrin; Salumets, Ahto, juhendaja; Adler, Priit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
This master thesis describes an application called Qumanize that was created to carry out a humanization process for non-human monoclonal antibodies. Monoclonal antibodies are used as therapeutics for various cancers and autoimmune diseases. They are credited for their high specificity and reduced side effects compared to other drugs. However, since they are discovered in non-human immune systems, their amino-acid composition may induce an immune response in the human body with severe consequences. Qumanize is a tool for humanizing antibody amino acid sequences discovered in various species. It was created as a command line application, so one part of this thesis project was to create a web interface to this application for better accessibility - this process is also described in detail.