Browsing by Author "Talas, Liisi"

Now showing 1 - 3 of 3

7. klassi bioloogiaõpikute analüüs: jõukohasus ja õpilaste motiveerimine
(Tartu Ülikool, 2013) Talas, Liisi; Mikk, Jaan, juhendaja; Tartu Ülikool. Sotsiaal- ja haridusteaduskond; Tartu Ülikool. Haridusteaduste instituut
Reconstructing paleo-diversity, dynamics and response of eukaryotes to environmental change over the Late-Glacial and Holocene period in lake Lielais Svētiņu using sedaDNA
(2021-07-21) Talas, Liisi; Kisand, Veljo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Järves leiduv ja sinna kandunud bioloogiline materjal mattub seal aja jooksul järve settesse, milles rakuväline DNA võib seonduda savi ja humiinaine osakestega ning seetõttu säilib väga pikka aega. Teadaolevalt vanim järve settest tuvastatud DNA on ligi 270 000 aastat vana. Järve setetes säilinud vana DNA (sedaDNA) võimaldab ajas tagasiulatuvalt rekonstrueerida bioloogilise mitmekesisuse muutusi ning tuvastada, millal ja miks need muutused mitmekesisuses toimusid. Samuti võimaldab sedaDNA uurida keskkonna muutuste mõju kooslustele läbi aja. Koosluste muutuste seoseid keskkonnateguritega on oluline uurida, kuna see aitab seletada ka tänapäevaseid bioloogilise mitmekesisuse muutusi ning koostada prognoose edasise kliimasoojenemise olukorras. SedaDNA on suhteliselt uudne tööriist paleo-ökoloogias, sealjuures on sedaDNA põhised uuringud hüppeliselt kasvanud viimase 5 aasta jooksul tänu DNA sekveneerimis- ja analüüsimeetodite arengule. Käesolevas doktoritöös uuriti, kas Lielais Svētiņu järve settes leiduvat vana DNAd saab kasutada eukarüootide mitmekesisuse rekonstrueerimiseks, keskendudes fototroofide ja seente dünaamikale, ning uuriti tuvastatud koosluste reageerimist muutuvatele keskkonnatingimustele. Lielais Svētiņu järve võib pidada üheks Euroopa kirde regiooni mudeljärveks, sest sinna on kogunenud paks settekiht, piirkonnas on hästi dateeritud hiline inimmõju ning varasematest õietolmu ja mikro-, makrofossiilide uuringutest on kogutud hulgaliselt andmeid. Olemasolev andmestik võimaldab uurida nii looduslikku kui ka inimmõju järve ökosüsteemi kooslustele ja laiemalt piirkonnas toimunud muutusi. Uudse lähenemisena kasutati järves ja selle valgalal toimuvate muutuste hindamiseks indikaatorina seente erinevate ökoloogiliste gruppide esinemist. Esmalt leiti, et sedaDNA võimaldab edukalt tuvastada eukarüootide mitmekesisust ka sügavamatest, s.t vanematest, sette kihtidest. Selgus, et sedaDNA võimaldab rekonstrueerida lisaks järve ökosüsteemile ka järve ümbritsevat maismaa keskkonda. Samuti selgus, et ITS2 markeri abil tuvastatud seente ökoloogilised rollid on kasutatavad potentsiaalsete indikaatoritena peremeesorganismide populatsioonide ja järvesiseste protsesside hindamiseks. Leidsime, et muutused eukarüootide koosluste dünaamikas on põhjustatud nii looduslike kui ka inimtekkeliste tegurite poolt. Fototroofide dünaamikas tuvastati kolm koosluste häiringu perioodi, millest kaks esimest, hilis-jääaja (~12 500-7700) ning Holotseeni temperatuuri maksimumi (~5400-7700) ajajärgu häiringud, olid tõenäoliselt põhjustatud vastavatest järskudest kliimamuutustest või võimalikest jääkatte kestuse ja humifitseerumise protsessidest järves. Kõige selgemini oli eristatav aga liigirikkuse tõus viimase ~2000 aasta jooksul Chlorophyta, planktoni parasiitsete seente ja mükoriissete seente grupis, mis ajaliselt langeb kokku inimmõju järkjärgulise tõusuga selles piirkonnas. Selline koosluste muutus on seletatav suurenenud toitainete liikuvusega järve inimtegevuse tagajärjel. Toitainete hulga tõus aga soosis omakorda fütoplanktoni mitmekesisuse tõusu sel perioodil. Lisaks leidsime tõendeid planktoni parasiitsete seente liigilise mitmekesisuse suurenemise kohta juba alates ~4000 aastast, mis on seotud kliima jahenemise ja tsüanobakterite domineerimise asendumisega eukarüootsete vetikate domineerimisega.
Seenekoosluste tuvastamine jääajajärgsetest järve põhjasetetest 18S rDNA ja ITS2 ala järjestuste põhise meetodiga
(Tartu Ülikool, 2016) Talas, Liisi; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Järve põhjasetetest seente mitmekesisuse ja ökoloogilise rolli hindamiseks kasutati ajaloolisele DNAle optimeeritud PCRi koos ITS2 ja 18S rDNA ala praimeritega. Seente mitmekesisuse ja liigrikkuse hindamiseks arvutati Chao1, Shannon-Weaver ja tasakaaluindeksid. Kokku tuvastati 343 seente perekonda, mis kuulusid 8 hõimkonda. Domineerivateks hõimkondadeks olid Basidiomycota ja Ascomycota. Universaalsete 18S rDNA praimerite abil tuvastati lisaks taimi (sh okaspuid), loomi ja protiste. Okaspuude esinemist järve ümbruses toetab Pinus ja Picea taimeperekonna parasiitsete seente tuvastamine settest ITS2 ala abil. Ökoloogiliselt rollilt esines tuvastatud seente seas rohkelt taimeparasiite, taimeseoselisi seeni ja saprotroofe. Esines ka putukate parasiite, koprofiilseid ja seenparasiitseid seeni. Paleoelustiku rekonstrueerimiseks ja organismidevaheliste seoste leidmiseks osutus tulemuslikuks kasutada ITS2 ja 18S rDNA ala koos.