TaqMan tehnoloogia põhine metülatsioonimustri tuvastamine enneaegselt vananeva immuunsüsteemi monitoorimiseks

Abstract

Immuunsüsteem kaitseb organisme erinevate kahjustavate faktorite eest. Lisaks üldistele defektidele, mis organismi kaitsemehhanisme võivad elu jooksul pärssida, kaasnevad ka eaga olulised muutused: immuunsüsteemi võimekus väheneb ning tekib krooniline põletik. Püsivad epigeneetilised muutused immuunrakkudes võivad peegeldada immuunsüsteemi efektiivsust paremini kui kõikuv geeniekspressiooni tase. Käesoleva magistritöö eesmärgiks oli teha algust TaqMan tehnoloogia põhise reaalaja polümeraasi ahelreaktsiooni meetodi väljatöötamisega, mis võimaldaks tuvastada immuunsüsteemiga seotud geenide metülatsioonimustri muutusi, selleks et leida biomarkereid enneaegselt vananeva immuunsüsteemi monitoorimiseks. Epigeneetikal põhineva töövahendiga tõestati, et CD3D diferentsiaalselt metüleeritud regiooni on võimalik kasutada T-rakkude populatsiooni kvantiseerimiseks. Lisaks on võimalik tuvastada ka valitud inflamm-aging (vananemisega kaasnev põletikutsütokiinide kontsentratsiooni tõus veres) fenotüüpi kirjeldavate geenide (CCL5, GNLY) metülatsioonimustrit, kuid käesoleval hetkel veel east sõltuvaid järeldusi teha ei saa.