Alfaviiruse-põhise trans-replikatsiooni süsteemi kasutamine swap- ja punktmutatsioonide uurimisel

Abstract

Trans-replikaasi süsteem põhineb matriits-RNA replikatsioonil ja sellelt toimuval subgenoomse RNA sünteesil (transkriptsioonil) imetajarakkudes, mida teostab samas rakus eraldi ekspresseeritud alfaviiruse replikaas. Replikatsiooni ja transkriptsiooni hinnatakse matriits-RNA-l kodeeritud markervalkude detekteerimisega. Käesoleva töö tulemused näitasid, et trans-replikaasi süsteem osutus väga informatiivseks alfaviiruste homoloogsete replikaasi domeenide vahetamise mõju uurimisel ning nsP2 proteaasi punktmutatsioonide efektide uurimisel. Uurimusest selgus, et domeenide vahetamine pärssis transkriptsiooni, osutades replikaasi valkude antud domeenide olulisusele transkriptsiooni jaoks. Valitud punktmutatsioonid nsP2 proteaasis blokeerisid täielikult replikatsiooni ja transkriptsiooni, millest järeldub, et proteaasne aktiivsus on oluline nii replikatsiooni kui transkriptsiooni jaoks.