Markerite sõltumatuse olulisus geneetilistes riskiskoorides

Abstract

Geneetiline riskiskoor on geneetiliste variantide (kõige sagedamini SNPide ehk ühenukleotiidsete polümorfismide) efektisuurustest moodustatav arvuline väärtus, mis võimaldab hinnata haigestumise riski või tunnuse väärtust. Riskiskoori valitakse ülegenoomsest assotsiatsioonianalüüsist (GWASist) leitud sõltumatud markerid, mis on seotud uuritava tunnusega. Antud bakalaureusetöö eesmärk oli uurida, kuidas lineaarsed regressioonikordajad sõltuvad tunnuste omavahelistest korrelatsioonidest ning kuidas riskiskoori kui ühe seletava tunnuse regressiooniparameetri hinnang sõltub sellest, kui tugevalt on skoori lisatud SNPid omavahel korreleeritud. Riskiskooride koostamiseks kasutati Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu andmestikku, mis koosnes 7944st geenidoonorist ja GWASist saadud geenimarkereid ning moodustati kehamassiindeksi mudelid, kuhu üheks seletavaks tunnuseks lisati riskiskoor. Teisteks seletavateks tunnusteks olid vanus ja sugu. Kui SNPid on sõltumatud ja nende efektide suurused on korrektsed, siis on oodatavaks riskiskoori kordajaks ligikaudu üks. Selgus, et mida suurem oli riskiskooris olevate SNPide omavaheline korrelatsioon, seda enam erines riskiskoori kordaja ühest. Riskiskoori kordaja tugevalt korreleeritud SNPidega oli nullilähedane. Seetõttu on oluline valida riskiskoori sõltumatud SNPid.