Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil
Date
2016
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Tartu Ülikool
Abstract
Teise põlvkonna sekveneerimine võimaldab anda hulgaliselt infot proovide liigilise
koosluse kohta, olgu selleks näiteks inimese mikrobioomi- või keskkonnaproov.
Uuemad bakterite tuvastamise programmid kasutavad määramiseks lühikesi kindla
pikkusega oligomeere, olles seeläbi kiired, kuid ka mitmete puudustega.
Antud töö käigus loodi tarkvara StrainSeeker, mis tuvastab sekveneerimise
toorandmetest bakterid tüve tasemeni. StrainSeeker analüüsib kõigi lugemite
koondinfot, mitte üksikuid lugemeid eraldi. Lisaks suudab StrainSeeker tuvastada ka
andmebaasist puuduvaid organisme ning kiirus ja paindlikkus teevad selle
võrreldavaks parimate avaldatud bakterite tuvastamise programmidega.
Description
Keywords
bakterid, identifitseerimine, lugemid, assambleerimata, k-meer