Endogeensete viiruslike elementide tuvastamine parameetriliste meetoditega bornaviiruse sarnaste elementide näitel

Abstract

Horisontaalne geeniülekanne on geneetilise materjali paaritumisest sõltumatu liikumine ühest organismist teise. Endogeensed viiruslikud elemendid on horisontaalse geeniülekande tagajärjel tekkinud, peremehe genoomi integreerunud ja fikseerunud viiruse genoomsed fragmendid. Senini on endogeenseid viiruslikke elemente tuvastatud homoloogia otsimisega viiruslike ja eukarüootsete järjestuste vahel. Tänaseks on horisontaalse geeniülekande tuvastamiseks loodud parameetrilised programmid, mis otsivad ülekandunud piirkondi kiirelt ühe järjestuse põhjal. Parameetrilisi meetodeid ei ole senini endogeensete viiruslike elementide tuvastamisel kirjeldatud, mistõttu on käesoleva töö eesmärgiks selgitada parameetriliste programmide kasutamise võimalusi endogeensete bornaviiruse sarnaste elementide näitel.