Browsing by Author "Fischer, Krista, juhendaja"

Now showing 1 - 20 of 54

Absolute risk estimation for time to event data
(2020) Alvarado Salcedo, Juan Manuel; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut
The objective of the thesis is to use time to event models in order to estimate the absolute risk for a certain event. In particular, we will use the data from the Estonian Biobank cohort together with different approaches to estimate the Risk of Type 2 Diabetes (T2D). We will use the methodology that accounts for right-censoring in the data. Specifically, we will use three approaches for duration models: - Non-Parametric methods: the Kaplan-Meier estimator; - Semiparametric model: Cox Proportional Hazard models; and - Parametric models: models assuming Weibull and Gompertz distribution. The analysis will be done in R software exclusively. After we have identified the optimal models, we will predict the risks, giving us an approximate estimate which will be potentially useful to personalize risk predictions for the Estonian population and insurance.
Acute myocardial infarction in Estonia 2001–2014: towards risk-based prevention and management
(2019-07-04) Saar, Aet; Eha, Jaan, juhendaja; Ainla, Tiia, juhendaja; Marandi, Toomas, juhendaja; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Südame-veresoonkonna haiguste, eelkõige südame isheemiatõvest ja südamelihase infarktist põhjustatud suremus Eestis on viimastel aastakümnetel langenud, kuid on jätkuvalt Euroopa keskmisest kõrgem. Suremuse edasine langetamine eeldab tõhusamat infarkti ennetamist ja paremat ravi. Ennetuse nurgakiviks on kõrgeima haigestumisriskiga inimeste kindlaks tegemine ja neile ennetava ravi pakkumine, et vähendada infarkti haigestumise tõenäosust. Ravijuhised soovitavad selleks kasutada riski hindamise skoore, mis ennustavad riskifaktorite esinemise põhjal haigestumise tõenäosust. Riskihinnangu alusel otsustatakse ennetava ravi vajadus – kõrgem risk eeldab varasemat ja tõhusamat sekkumist. Riskiskoorid on välja töötatud madalama südame-veresoonkonna haiguste levimusega arenenud riikides ning seni ei ole nende sobivust Eesti rahvastikul hinnatud. Doktoritöö tulemusel selgus, et kolmest riskiskoorist kaks – Euroopas kasutatav SCORE ja Ameerika PCE sobivad südame-veresoonkonna haiguste riski hindamiseks Eestis. Suurbritannia QRISK2 alahindas oluliselt haigestumise tõenäosust ja seega vajaks enne kasutamist kohandamist Eesti oludele. Doktoritöös hinnati ka südamelihase infarktiga patsientide ravi kvaliteeti Eestis 2001–2014. Kuigi patsientide keskmine vanus ja kaasuvate haiguste esinemise sagedus kasvasid, paranes oluliselt infarktijärgne elulemus, mida võib seostada ravijuhistes soovitatud kaasaegse ravi paranenud kättesaadavusega. Uuringuperioodi jooksul ühtlustusid infarkti ravikvaliteet ja -tulemused Eestis – 2011. aastaks ei sõltunud ellujäämise tõenäosus enam sellest, kas patsient pöördus esmaselt piirkondlikku või kohalikku haiglasse. Probleemina tõi töö välja nn. ”riski-ravi paradoksi”, mille kohaselt kõrgeima riskiga patsiente ravitakse vähem tõhusalt võrreldes madalama riskiga haigetega. Seega, infarktijärgse elulemuse edasiseks parandamiseks tuleb enam tähelepanu pöörata kõrgeima riskiga, sealhulgas eakate, suhkrutõve ja neerupuudulikkusega patsientide ravile.
Causal effect of incarceration history on HIV susceptibility among people who inject drugs: an individual-level meta-analysis
(2022-02) Rannap, Jürgen; Fischer, Krista, juhendaja; Uusküla, Anneli, juhendaja; Ojavee, Sven Erik, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut
The objective of this master’s thesis is to describe the causal effect of ever being imprisoned on the probability of having human immunodeficiency virus among people who inject drugs. Here, we meta-analyse individual-level patient data that has been collected throughout Europe. Firstly, we provide an overview of the individual patient data and the process of merging the data sets into a complete analysis data set. Subsequently, we provide an overview of the bias reduction and causal inference and modelling methods such as propensity score matching and generalised linear mixed model. Finally, the thesis focuses on applying these practices on the merged data set. As a result, the thesis confirms the existence of a risk-increasing effect of ever imprisonment to the probability of having human immunodeficiency virus.
Computational and statistical methods for DNA sequencing data analysis and applications in the Estonian Biobank cohort
(2018-11-27) Kals, Mart; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Tänapäeval võimaldavad teise põlvkonna sekveneerimisel (next-generation sequencing, NGS) põhinevad meetodid määrata inimese genoomi järjestusi suurtes kohortides. Seejuures toodetakse väga suuri andmemahtusid, mis tekitavad mitmeid väljakutseid nii informaatika kui statistika valdkonnas. TÜ Eesti Geenivaramu (TÜ EGV) on aastatel 2002-2011 kogunud enam kui 50 000 inimese geeniproovi ja käesoleval aastal lisandub veel 100 000. Praeguseks hetkeks on üle 5 500 geenidoonori DNA-d analüüsitud erinevate NGS meetoditega. Käesolevas doktoritöös on pakutud üldine raamistik TÜ EGV-s toodetud NGS-andmete töötluseks ning lisaks on uuritud, kuidas võimalikult hästi arvestada Eesti päritolu isikute geneetilist eripära. Üheks levinud NGS meetodiks on eksoomi ehk kõigi valku kodeerivate geenipiirkondade sekveneerimine, mis võimaldab efektiivselt leida harvu ja de novo geenivariante ja leiab seetõttu rakendust meditsiinigeneetikas mendeliaarsete haiguste geenimutatsioonide tuvastamisel. Doktoritöö esimeses osas on analüüsitud kolme Eesti perekonna andmeid ja kõigil kolmel juhul kindlaks tehtud potentsiaalne patogeenne mutatsioon, mis lubab tulevikus välja töötada paremaid ravimeetodeid. Samuti on läbi viidud genoomi sekveneerimisandmete analüüs kliinilise vere näitajatega. See analüüs tõi välja populatsioonipõhise biopanga eelised, mis lisaks rikkalikele genoomiandmetele sisaldab ka väärtuslikku informatsiooni erinevate haiguste ja tunnuste kohta. Uuringus tuvastati olulisi seoseid CEBPA geenivariantide ja basofiilide arvu vahel, kusjuures viimasel on roll mitmete autoimmuunhaiguste sümptomaatikas. Ülegenoomsete assotsiatsiooniuuringute võimsuse suurendamiseks kasutatakse puuduvate geenivariantide ennustamist ehk imputeerimist. Muutmaks just Eesti päritolu isikute andmeanalüüsi tõhusamaks, on kasutatud genoomi sekveneerimisandmeid eestlaste-spetsiifilise imputatsioonipaneeli loomiseks. Seejärel on imputeeritud puuduvaid geenivariante kolmel moel – kasutades nii eestlaste-spetsiifilist kui ka kahte multi-etnilist paneeli. Võrdlustulemused näitasid, et eestlaste-spetsiifilise paneeli kasutamisel õnnestub määrata rohkem parema kvaliteediga geenivariante ning loodud paneeli eelis tuleb eriti esile harvaesinevate variantide puhul.
Covid-19 hospitaliseerimise prognoosimine nakatunute andmetelt
(2022) Tamm, Joonas-Sander; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakalaureuse töös proovitakse leida lineaarse regresiooni ja Ridge regresiooni abil mudelit, mille abil saab ennustada covidiga hospitaliseeritute arvu 7 päeva varasemate nakatunute andmete pealt. Töö käigus kasutatakse mõlemat meetodit ning analüüsitakse nende eeliseid ja puuduseid. Kõige paremini seletas hospitaliseerituse muutumist üleüldine nakatumine ja vaktsineerimine ning samad näitajad eraldi 80 aastaste ja vanemate seas. Kõik töös kasutatud andmed on pärit Terviseameti avaandmete seast.
COVID-19 läbimurdeinfektsioonid ja neid mõjutavad tegurid
(2022) Rips, Karolin; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakalaureusetöö eesmärk on leida tegurid, mis mõjutavad COVID-19 vastu vaktsineeritute nakatumist ning vaktsineeritud nakatunute haiglaravi vajamist. Töö teoreetilises osas antakse ülevaade Eestis kasutatavatest COVID-19 vastastest vaktsiinidest ja logistilise regressiooni mudelist. Töö praktilises osas kirjeldatakse haiguse levikut, haiglaravi vajamist ja vaktsineeritust Eesti elanike seas. Seejärel hinnatakse logistilise regressiooni mudelid nakatumise ja haiglaravi vajamise kirjeldamiseks.
Depressiooniravi efektiivsus ja selle võimalik geneetiline taust: TÜ Eesti Geenivaramu poolt läbi viidud uuringu analüüs
(Tartu Ülikool, 2017) Vare, Pille-Riin; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakalaureusetöö eesmärk on välja selgitada, kuidas muutub depressiooni raskusastet mõõtev MADRS skoor sõltuvalt ravimitest estsitalopraam ja venlafaksiin ning millised geneetilised variandid võivad mõjutada depressiooni ravimivastust. Töö alguses tuuakse välja depressiooni olemus, vajalikud geneetikaga seotud mõisted ning uuringu „Indimed – depressioon“ kirjeldus. Järgnevalt antakse ülevaade töös kasutatavatest statistilistest mudelitest: üldine lineaarne mudel (sh erijuhuna dispersioon- ja kovariatsioonanalüüsi mudelid), logistilise regressiooni mudel ning segamudel. Segamudelite puhul keskendutakse mudelitele, mis sobivad kordusmõõtmistega andmestiku korral ja kus indiviidispetsiifilised parameetrid (vabaliige, regressioonisirge tõus) on vaadeldavad juhuslike parameetritena. Viimase peatüki moodustab uuringu „Indimed – depressioon“ andmete analüüs, kus eespool tutvustatud meetodeid kasutades selgitatakse välja, millistest geneetilistest variantidest võib depressiooniravi efektiivsus 153 vähemalt mõõduka või korduva depressiooni diagnoosiga patsiendil sõltuda.
Diet, blood metabolites, and health
(2022-07-12) Taba, Nele; Fischer, Krista, juhendaja; Esko, Tõnu, juhendaja; Pirastu, Nicola, juhendaja; Metspalu, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Täpsem arusaam, kuidas ja mille kaudu toitumine tervist mõjutab, loob soodsa pinnase tervist edendavatele personaliseeritud toitumissoovitustele. Üks võimalus toitumise ja tervise vaheliste seoste selgitamiseks on uurida veres ringlevate metaboliitide tasemeid, kuna need on mõjutatud toitumisest ning on omakorda erinevate haiguste ennustajateks. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks on anda vere metaboliitide uurimise kaudu lisateadmisi selle kohta, kuidas toitumine mõjutab tervist. Esmalt kasutasime Mendeli Randomiseerimise (MR) meetodit, et tuvastada, milline on toitumisvalikute potentsiaalselt põhjuslik mõju vere metaboliitidele. Kuna leitud tulemused ühtisid varasemate randomiseeritud uuringutega ning olid osalt vastuolus vaatlusuuringutega, tõestasime et MR on sobiv ja kasulik meetod toitumise mõju uurimiseks. Kokku leidsime 413 potentsiaalselt põhjuslikku seost. Muuhulgas viitavad tulemused, et nii kohvi kui ka alkohoolsete jookide suurem tarbimine tõstab madala ja keskmise tihedusega lipoproteiinidega seotud metaboliitide tasemeid, samas kui väga madala tihedusega lipoproteiinidega seotud metaboliitide tasemetele tundub mõju olevat vaid suuremal kohvi tarbimisel, aga mitte alkoholi tarbimisel. Teiseks vaatlesime toidu neofoobia (FN) ja vere metaboliitide vahelisi seoseid ning leidsime, et kõrgem tulemus FN skaalal seostub madalamate omega-3 rasvhapetega seotud mõõtmistega. Lisaks, FN mõju tüüp 2 diabeedile ja südameveresoonkonna haigustele vajab kinnitust tulevaste uuringute poolt, kuna mõlema haiguse osas oli FN riski tõstev mõju väljendunud vaid ühes vaadeldud kahest kohordist. Kolmandaks uurisime, kas vere metaboliitide profiil kirjeldab inimese bioloogilist vanust (BA) ning kas erinevus sellise BA ja kronoloogilise vanuse vahel ennustab tervisenäitajaid. Leidsime, et metaboliitide-põhine BA võib olla populatsiooni-spetsiifiline ning seostub kardiovaskulaarsete riskifaktoritega. Lisaks viitavad meie tulemused sellele, et metaboliitide-põhine BA võib olla seotud toitumiskäitumisega. Kokkuvõttes annavad leitud tulemused uusi teadmisi toitumise, metaboliitide ja tervise omavaheliste seoste kohta ning on seega aluseks tulevastele randomiseeritud uuringutele mis loovad omakorda pinnase teadlikele tervist edendavatele personaliseeritud toitumissoovitustele.
DNA metülatsioon: normaliseerimine ja analüüs
(Tartu Ülikool, 2013) Kasela, Silva; Fischer, Krista, juhendaja; Milani, Lili Azin, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika-informaatikateaduskond; Tartu Ülikool. Matemaatilise statistika instituut
Käesoleva magistritöö tulemusel tutvustati DNA metülatsiooni ja selle normaliseerimis- ning analüüsimismeetodeid, viidi läbi põhjalik analüüs eeltöötlusest kuni lõpliku analüüsini. Tulevikus oleks huvitav veel erinevalt metüleerunud CpG-de leidmisel kaaluda ka beeta-väärtuste modelleerimist beeta-jaotusega ning segamudelite teooria rakendamist.
Ebaõnnestunud toitmine TÜ Kliinikumi üldintensiivravi osakonna patsientidel
(Tartu Ülikool, 2013-06-06) Starkopf, Liis; Fischer, Krista, juhendaja; Reintam Blaser, Annika, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika-informaatikateaduskond; Tartu Ülikool. Matemaatilise statistika instituut
Käesolevas bakalaureusetöös on uuritud Tartu Ülikooli Kliinikumi anestesioloogia ja intensiivravi kliiniku üldintensiivravi osakonna (edasipidi intensiivravi osakond) patsientide andmeid. Intensiivravi osakonna patsiendid on sageli aparaadihingamisel ning pole võimelised suu kaudu sööma. Seetõttu toidetakse neid üldiselt sondi kaudu otse makku. Kuna paljudel patsientidel on seedetrakti funktsioon häiritud, ei pruugi sondiga toitmine õnnestuda. Sellist situatsiooni nimetatakse ebaõnnestunud toitmiseks. Terminit „ebaõnnestunud toitmine“ kasutatakse intensiivravi osakonna igapäevatöös palju, kuid ühene definitsioon puudub. Bakalaureusetöö eesmärgiks on võrrelda erinevate ebaõnnestunud toitmise definitsioonide mõju ravitulemusele. Samuti on eesmärgiks selgitada välja intensiivravi osakonna haigete suremust prognoosivad tunnused, seejuures teha kindlaks, kas ka mõni ebaõnnestunud toitmise definitsioon on suremust prognoosivate tunnuste hulgas. Bakalaureusetöös on esmalt antud ülevaade andmete analüüsimiseks kasutatud meetoditest. Seejärel on lühidalt kirjeldatud uuritud andmeid, esitatud andmete modelleerimiseks vajalike uute tunnuste definitsioonid, sealhulgas ebaõnnestunud toitmise definitsioonid, ning nende tunnuste jaotuste kirjeldused. Suremuse ja ebaõnnestunud toitmise erinevate definitsioonide vaheliste seoste kindlaks tegemiseks on kasutatud 2 -testi, logistilist regressiooni ja elukestusanalüüsi. Olulised seosed ja mudelite kirjeldused on toodud tulemuste osas. Bakalaureusetöö on kirjutatud tekstitöötlusprogrammiga Microsoft Word 2003. Analüüsid on läbi viidud statistikapakettiga R. Olulisuse tõenäosuseks on kõikjal töös valitud = 0,05.
Elukestusanalüüs vasakult tõkestatud andmete ning ajast sõltuva argumenttunnuse korral TÜ Eesti geenivaramu kohordi näitel
(2018) Zimmermann, Marili; Fischer, Krista, juhendaja; Taba, Nele, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut
Käesoleva magistritöö eesmärgiks on välja selgitada, milline on kõige sobivam meetod elukestusanalüüsi läbiviimiseks, kui andmetes esineb nii paremalt tsenseeritust kui ka vasakult tõkestatust. Lisaks pakkus huvi, kas ja kuidas peaks arvestama ajas muutuvate argumenttunnustega ning milline ajaskaala on epidemioloogilise uuringu analüüsimisel parim. Leitud tulemuste põhjal rakendati kõige sobivamat meetodit TÜ Eesti geenivaramu andmete analüüsil. Esmalt tuuakse ülevaade elukestusanalüüsi olemusest ning tähtsamatest aspektidest, mida sellise analüüsi juures tuleb jälgida. Töö teises peatükis kirjeldatakse läbi viidud simulatsioonuuringut ning tuuakse välja tulemused. Kolmandas peatükis kirjeldatakse analüüsis kasutatavat Eesti geenivaramu andmestikku ning kirjeldatakse tehtud elukestusanalüüsi. Ühtlasi vaadatakse ka elukestust erinevate riskitegurite lõikes nagu sugu, haridus, kehamassiindeks, II tüüpi diabeedi diagnoos ning geneetilise riskiskoori väärtus. Riskitegurite seos elukestusega tuli analüüsi käigus selgelt välja.
Geenimarkerite põhjal hinnatud haiguseriski võrdlus perekonnaajalooga
(2016) Habakukk, Sille; Fischer, Krista, juhendaja; Läll, Kristi, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Geneetika kiire areng lubab üha enam kasutada perekonnaajaloo kõrval ka geneetilisi teste inimese haiguseriski hindamiseks. Bakalaureusetöö eesmärk on välja selgitada, millistel tingimustel töötab haiguseriski hindamisel paremini perekonnaajalugu ja millistel tingimustel geneetilised andmed. Töös viiakse läbi kaks simulatsioonuuringut erinevatel simuleerimistingimustel ja saadud mudeleid võrreldakse nii andmetega sobivuse kui ka diagnostilise võimekuse poolest. Geneetilisi andmeid kasutavad mudelid edestavad perekonnaajaloopõhiseid mudeleid pea igas olukorras.
Geneetilise riskiskoori ja vaimse tervise häirete koosmõju südame-veresoonkonnahaiguste riskile
(Tartu Ülikool, 2024) Rips, Karolin; Lehto, Kelli, juhendaja; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
Cardiovascular diseases (CVD) are the leading cause of death in Estonia. In order to avoid premature mortality, it is important to assess the risk of disease even before symptoms occur. For this purpose, risk models can be created that take into account the environmental factors influencing the risk of CVD and genetic predisposition. Associations between mental health disorders and CVD risk have also been found. The master’s thesis examines whether and how depression, bipolar disorder and anxiety disorders affect the risk of CVD and whether there is an interaction between the effects of these diseases and polygenic risk score (PRS) for coronary heart disease. Data from the Estonian Biobank and survival analysis methods are used to assess CVD risk. As a result, depression, anxiety disorder, and bipolar disorder increase the risk of CVD. Furthermore, a negative interaction between PRS and depression on CVD risk was found in women – depression significantly increases the risk of CVD, and there is no additional effect of PRS in the presence of depression (in other words, depression overshadows the effect of PRS).
Geneetilise tagasiside mõju ravijärgimusele ja ravi tulemuslikkusele
(2018) Mändul, Merli; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut
Käesoleva magistritöö eesmärk on välja selgitada, kas personaalse geneetilise tagasiside saamine parandab hüpertensiooni põdevate patsientide ravijärgimust ja ravi tulemuslikkust. Andmed pärinevad klaster-randomiseeritud korduvmõõtmistega uuringust "Indimed hüpertensioon". Analüüsimiseks kasutatakse lineaarseid ja logistilisi segamudeleid, mida töö esimeses osas kirjeldatakse ning mille puhul selgitatakse ka parameetrite hindamist. Lisaks antakse ülevaade rakendustarkvarade R ja SAS võimalustest klaster-randomiseeritud korduvmõõtmistega andmete analüüsimiseks. Töö teises osas kirjeldatakse "Indimed hüpertensioon" uuringut, misjärel andmeid analüüsitakse. Töö teine osa on pühendatud "Indimed hüpertensioon" uuringu andmete analüüsile eelnevalt kirjeldatud metoodika abil. Uuringust selgus, et tagasiside andmisel on pikaajaline efekt süstoolse vererõhu muutumisele ning tagasisidet saanutel langeb vererõhk enam kui tagasisidet mittesaanutel. Lisaks selgus, et kõrge mittegeneetilise riskiga (s.o kõrge üldise südame-veresoonkonnahaigustesse haigestumise riskiga) patsiendid võtavad ravimit paremini kui mittekõrge mittegeneetilise riskiga patsiendid.
Geneetilise tagasiside mõju ravitulemusele
(2016) Mändul, Merli; Fischer, Krista, juhendaja; Läll, Kristi, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk on uurida, kas patsientidel, kes saavad personaalset geneetilist tagasisidet, langeb vererõhk enam (st kas nad võtavad ravimeid hoolikamalt või muudavad enam oma elustiili) kui patsientidel, kes tagasisidet ei saa. Töös tutvustatakse kõrgvererõhutõbe, geneetika põhimõisteid, randomiseeritud ja klaster-randomiseeritud katseid, uuringut, kust analüüsiandmed pärinevad ning mitmetasandilist mudelit. Viimaks analüüsitakse uuringu "Indimed hüpertensioon" andmeid.
Geneetilise varieeruvuse mõju antidepressantide tarvitamisele TÜ Eesti Geenivaramu andmete põhjal
(2019) Vare, Pille-Riin; Fischer, Krista, juhendaja; Krebs, Kristi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut
Magistritöö eesmärk on välja selgitada, kuidas geneetiline varieeruvus antidepressantide metabolismis olulisi ensüüme kodeerivates geenides CYP2C19 ja CYP2D6 mõjutab ühe antidepressandi vahetamist teise vastu ja kas üldises antidepressantide kasutamise mustris on erinevusi. Lisaks geneetilistele aspektidele pööratakse tähelepanu ka tausttunnustele sugu, vanus ravi alustamise ajal, pikkus ja kaal. Kõigepealt antakse ülevaade depressioonist ning vajalikest geneetika terminitest. Seejärel kirjeldatakse kasutatavaid statistilisi mudeleid, milleks on logistiline regressioonimudel, Poissoni regressioonimudel, negatiivne binoommudel, Coxi võrdeliste riskide mudel ning konkureerivate riskide mudel (nn Fine ja Gray mudel). Töö viimase osa moodustab Eesti Geenivaramu andmete analüüs, mille käigus uuritakse seoseid geneetilise varieeruvuse ning tausttunnuste ja erinevate välja ostetud ravimite retseptide arvu, üldise retseptide arvu ja depressiooniravimi vahetamise vahel. Poissoni mudeli hindamise tulemusena selgus, et need, kellel esineb deletsioon geenis CYP2C19, on kasutanud rohkem erinevaid ravimeid. Fine ja Gray mudeli põhjal sai järeldada, et neil, kellel ensüümi CYP2D6 aktiivsusgrupp viitab aeglasele metaboliseerimisele, on suurem risk ravimi vahetamisele kui normaalsetel metaboliseerijatel.
Geneetiliste mõjude hindamine kinnitava faktoranalüüsiga
(Tartu Ülikool, 2015) Aasmets, Oliver; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika-informaatikateaduskond; Tartu Ülikool. Matemaatilise statistika instituut
Genoomikapõhise personaalse meditsiini väljatöötamiseks soovitakse inimese genotüübiandmete põhjal ennustada haiguste tekkimise riske. Geneetiliste mõjude hindamisel kasutatakse enim ühenukleotiidsete polümorfismide (SNP) markereid, mis on inimese geneetilise varieeruvuse põhilisemaid avaldumisviise. DNA-ahelal lähestikku paiknevad SNP-d on omavahel tugevasti korreleeritud, seetõttu kasutatakse geeni mõju hindamisel enamasti ainult piirkonna kõige olulisemat markerit. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk on anda ülevaade struktuurivõrrandite mudelitest ning rakendada metoodika ühte erijuhtu - kinnitavat faktoranalüüsi, hindamaks geenipiirkonna mõju, kasutades kõiki piirkonnas mõõdetud geneetilisi markereid.
Geneetiliste päritolukomponentide määramine mitmemõõtmelise statistika meetodite abil
(Tartu Ülikool, 2015) Ojavee, Sven Erik; Fischer, Krista, juhendaja; Haller, Toomas, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika-informaatikateaduskond; Tartu Ülikool. Matemaatilise statistika instituut
Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk on uurida erinevaid võimalusi indiviidi päritolu kirjeldamiseks geeniandmetel põhinevate tõenäosuslike päritolukomponentide abil. Töö teoreetilises osas antakse ülevaade vajalikest geneetika mõistetest ning kasutatavatest statistilistest meetoditest. Töö praktilises pooles hinnatakse päritolukomponentide skoore peakomponentanalüüsi ning lineaarse diskriminantanalüüsi meetodite kombineerimisel. Tulemuste põhjal leitakse aposterioorsed eri rahvusgruppidesse kuulumise tõenäosused TÜ Eesti Geenivaramu andmebaasist pärinevale valimile. Lisaks uuritakse saadud tulemuste seoseid erinevate fenotüübiliste tunnustega ning samuti teostatakse võrdlused analoogsete tõenäosustega, mis on leitud alternatiivsel meetodil – TÜ Eesti Geenivaramu teadlaste poolt välja töötatud MixFit algoritmi põhjal.
Generalized Estimating Equations: an overview and application in IndiMed study
(2016) Arge, Maia; Läll, Kristi, juhendaja; Korhonen, Pasi Antero, juhendaja; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut
Generalized Estimating Equations (GEE), developed by (Zeger & Liang 1986), is a method of estimation that accounts for correlations among repeated measurements and is widely used in longitudinal analysis. The purpose of this master’s thesis is to provide an overview of GEE and use this approach on a cluster-randomized study called IndiMed. The data are from the Estonian Genome Center of University of Tartu. The clusters are doctors who were randomized to intervention or control group and subjects are patients with high blood pressure. All subjects in one cluster are either in intervention (received genetic risk information on the 2nd visit) or control group (received risk information on the 4th visit). Systolic and diastolic blood pressures were measured on all 5 visits for all patients and compared for the two study groups, taking into account the correlation among the repeated measurements.
Genetic regulation of gene expression: detection of tissueand cell type-specific effects
(2017-06-29) Kasela, Silva; Milani, Lili, juhendaja; Fischer, Krista, juhendaja; Metspalu, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Rohkem kui 10 aastat ülegenoomseid assotsiatsiooniuuringuid on leidnud kümneid tuhandeid seoseid komplekstunnuste ja geneetiliste markerite vahel, mis on andnud palju uut infot haiguste etioloogia ning pärilikkuse kohta. Leitud seosed ei viita otse põhjuslikule geneetilisele markerile, vaid märgivad ära genoomi piirkonna, mis mõjutab haiguse saamise riski või tunnuse kujunemist. Paremini aitavad seni kogutud infot mõtestada sellised geneetilised markerid, mis mõjutavad ka geenide avaldumist kui vahepealset tunnust varieeruvate DNA aluspaaride ja fenotüübi vahel. Tähtis on kirjeldada geeniekspressiooni geneetilist regulatsiooni võimalikult paljudes erinevates rakkudes ja kudedes, sest geneetiliste markerite efekt geeniekspressioonile sõltub nii rakutüübist kui ka keskkonnamõjudest. Antud doktoritöö uurib koe- ja rakutüübi-spetsiifilist geenide avaldumise geneetilist regulatsiooni. Me näitame, et täiskasvanu maksakoes mõjutavad geneetilised markerid nende geenide ekspressiooni, mis on seotud üldise ainevahetuse ja ravimite lagundamisega. Me analüüsisime geenide avaldumist ka omandatud immuunkaitses olulist rolli mängivates CD4+ ja CD8+ T-rakkudes. Me leidsime CD4+ T-rakkudes spetsiifilise toimega mittesünonüümse variandi, mis asub IL27 (kromosoom 16) geenis ja mõjutab geenide IRF1 (kromosoom 6) ja STAT1 (kromosoom 2) ekspressiooni, mida kinnitasime ka funktsionaalse katsega ning millel on potentsiaali esimest tüüpi diabeedi ravimisihtmärgina. Lisaks uurisime väikeste mittekodeerivate mikroRNAde ja geneetiliste markerite omavahelist seost geenide avaldumisele. Me ei leidnud seaduspära geneetiliste markerite poolt tekitatud või lõhutud mikroRNAde seondumisealade ning mikroRNAde toimemehhanismi ja geenide ekspressiooni tasemete vahel, aga leidsime mitu vähkkasvajatega seotud markerit, mille mõju geenide avaldumisele toetab mikroRNAde tähtsat rolli geeniekspressiooni regulatsioonis. Seega on järgmise 10 aasta põhiülesanne uurida, millistes rakutüüpides ja missuguste molekulaarsete mehhanismide ning geeniradade kaudu mõjutavad haigusseoselised geneetilised markerid inimeste heaolu. Vastus nendele küsimustele aitaks meid sammukese lähemale inimese genoomi kohta kogutud info rakendamisele ravimiarenduses ja kliinilises praktikas.