Browsing by Author "Usar, Siret"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 2 of 2
  • Thumbnail Image
    Item
    Alfaviiruse-põhise trans-replikatsiooni süsteemi kasutamine swap- ja punktmutatsioonide uurimisel
    (Tartu Ülikool, 2016) Usar, Siret; Merits, Andres; Žusinaite, Eva; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Trans-replikaasi süsteem põhineb matriits-RNA replikatsioonil ja sellelt toimuval subgenoomse RNA sünteesil (transkriptsioonil) imetajarakkudes, mida teostab samas rakus eraldi ekspresseeritud alfaviiruse replikaas. Replikatsiooni ja transkriptsiooni hinnatakse matriits-RNA-l kodeeritud markervalkude detekteerimisega. Käesoleva töö tulemused näitasid, et trans-replikaasi süsteem osutus väga informatiivseks alfaviiruste homoloogsete replikaasi domeenide vahetamise mõju uurimisel ning nsP2 proteaasi punktmutatsioonide efektide uurimisel. Uurimusest selgus, et domeenide vahetamine pärssis transkriptsiooni, osutades replikaasi valkude antud domeenide olulisusele transkriptsiooni jaoks. Valitud punktmutatsioonid nsP2 proteaasis blokeerisid täielikult replikatsiooni ja transkriptsiooni, millest järeldub, et proteaasne aktiivsus on oluline nii replikatsiooni kui transkriptsiooni jaoks.
  • Thumbnail Image
    Item
    Zika viiruse replikonide pakkimine viirus-replikon partiklitesse
    (Tartu Ülikool, 2018) Usar, Siret; Merits, Andres, juhendaja; Žusinaite, Eva, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Zika viiruse (ZIKV) replikoni pakkimiseks katsetati kolme erinevat pakkimissüsteemi. Nendeks olid SFV replikonidel, pakkimisrakuliinil ja viirus-replikon partiklitesse (VRP) pakitud SFV replikonil põhinev süsteem. Kõik kolm süsteemi põhinevad pakkimiseks vajalike ZIKV struktuursete valkude ekspressioonil in trans pakitava ZIKV replikoni suhtes. SFV replikonidel põhineva süsteemi puhul ekspresseeritakse ZIKV struktuursed valgud rekombinantselt SFV replikonilt ning pakkimisrakuliinil põhineva süsteemi korral stabiilselt rakuliini viidud vektorilt. SFV VRP-del põhinev süsteemi puhul saavutatakse ZIKV struktuursete valkude ekspressioon eelnevalt VRP-desse pakitud rekombinantselt SFV replikonilt. Kõigi kolme süsteemi ZIKV replikoni pakkimise efektiivsust hinnati ZIKV replikon-RNA-l kodeeritud markevalkude detekteerimisega. Käesoleva töö tulemustest selgus, et ainult VRP-desse pakitud SFV replikonil põhinev süsteem võimaldas efektiivselt pakkida ZIKV replikoni.