Browsing by Author "Utt, Age, juhendaja"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 3 of 3
  • Thumbnail Image
    Item
    Alfaviiruste replikaasi jagamine funktsionaalseteks komponentideks Sindbis, Chikungunya ja Ross River viiruste näitel
    (Tartu Ülikool, 2018) Lello, Laura Sandra; Merits, Andres, juhendaja; Utt, Age, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Alfaviirused on Togaviridae sugukonda kuuluv positiivse polaarsusega RNA genoomsete viiruste perekond. Alfaviiruste genoom kodeerib mittestruktuurseid valke, mis sünteesitakse liitvalguna. Funktsionaalne replikaas moodustub liitvalgu lõikamise teel. Seni ei ole suudetud sellist kompleksi individuaalsetest komponentidest konstrueerida. See ajendas meie uurimisgrupi ning Antwerpeni Troopilise Meditsiini Instituudi teadlaseid uurima alfaviiruste replikaasi rekonstrueerimist valmis- ja liitvalkudest ning RNA maatritsist. Käesoleva töö eesmärgiks oli selleks vajalike töövahendite kavandamine, valmistamine ning katsetamine. Analüüsiti kahest ja kolmest komponendist moodustatud replikaaside funktsionaalsust. Lisaks määrati replikaasi kompleksi moodustavate komponentide optimaalsed vahekorrad ja uuriti, kas sellised replikaasid säilitavad oma bioloogilised omadused. See bakalaureuse töö näitab Ross River, Sindbis ja Chikungunya viiruste näidetel, et nende replikaase saab rekonstrueerida kahest- ja mõnel juhul ka kolmest komponendist ning rajab seega aluse alfaviiruste replikaasi moodustumise ja toimimise põhjalikuks uurimiseks.
  • Thumbnail Image
    Item
    Alfaviiruste RNA sünteesiks vajalike determinantide uurimine matriits-RNAde ja replikaaside kombinatsioonide abil
    (Tartu Ülikool, 2020) Lello, Laura Sandra; Utt, Age, juhendaja; Merits, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Alfaviirused on Togaviridae sugukonda kuuluv arboviiruste perekond. Alfaviiruste genoom sisaldab kahte avatud lugemisraami, millest esimene kodeerib mittestruktuurseid ning teine struktuurseid valke. Mittestruktuurselt regioonilt sünteesitakse replikaasi eellane – mittestruktuurne liitvalk, mis enne funktsionaalsuse saavutamist läbib proteolüütilise töötlemise. Alfaviiruste replikaas osaleb RNA replikatsioonil olulistes interaktsioonides ciselementidega genoomi otstes ning lugemisraamide vahelises alas. Käesolevas magistritöös kasutati usaldusväärset trans-replikatsiooni süsteemi uurimaks üheksa alfaviiruse näitel replikatsiooniks vajalike determinantide paiknemist genoomis. RNA matriitside ning replikaaside kombineerimise teel tehti kindlaks, et SFV kompleksi kuuluvad replikaasid replitseerivad ning transkribeerivad efektiivselt nii SFV kompleksi kuuluvate kui ka kompleksi välisete viiruste RNA matriitse. Samas, kompleksi väliste viiruste replikaaside käitumine oli spetsiifilisem. Sindbis viiruse/Chikungunya viiruse hübriitsete matriitside abil tehti kindlaks, et replikatsiooni ja transkriptsiooni viirus-spetsiifilisuseks vajalikud determinandid paiknevad vastavalt genoomi 5’ UTR esimeses juuksenõelastruktuuris (SL3) ja subgenoomse promootori regioonis.
  • Thumbnail Image
    Item
    Bakteriofaag T7 transkriptsioonisüsteemi kasutamine Semliki Forest viiruse genoomi ja replikon-süsteemi RNA-de vabastamiseks plasmiidsetest vektoritest eukarüootses rakus
    (Tartu Ülikool, 2013) Hensen, Kati; Utt, Age, juhendaja; Merits, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut